当然ですが、GitHubに2段階認証を設定したらSourceTreeのGitHub連携機能が使えなくなりました。
その対応方法。

1. 設定画面に行きます。
2. サイドメニューの Applications をクリックします。
3. Personal Access Tokens の Create new token で好きなアプリ名を入れて、トークンを生成します。
4. あとは SourceTree のGitHubアカウント欄のパスワードにそのトークンを設定すればOK。

参考サイト

• Two-Factor Authentication (2FA) with GitHub in SourceTree - SourceTree Knowledge Base - Atlassian Documentation