横から失礼します。教育基本法4条1項（教育上の差別禁止）を禁止規定と読むとして、対して2条（教育目標）の列挙項目はその実施について教育機関にはかなり広範な裁量が与えられていると考えられるわけです。そうすると、4条1項に抵触しない範囲で、教育機関が何を重視するのかは結局現在当該教育機関が置かれてる文脈に依存するので、端的に女子枠Yes or Noという議論ではないように思いますがいかがでしょう。
制度ごとに違いがある、という話でごまかさないでください。
問題になっている理工系の女子枠は、「女子であること」によって、一般受験者とは別の有利な入口が用意されている制度です。
それを高下駄ではないかのように言うなら、むしろ何をもって不公平と言うのか分かりません。