例えば裁判になった場合、「男性であるために女子枠に出願できなかったこと自体が、教育機会の不合理な制約に該当するか」が争点になります。
仮に総定員が増えており、かつ既存の一般枠が減らされていない場合には、女子枠が設けられていても、男性受験者の従来の受験機会が縮減されたとは言い難く、性別による取扱いの差異は残るとしても、不利益の程度は相対的に小さいと評価され、違法性は認定されにくくなるでしょう。
もっとも、増員分であっても、女性のみ出願可能な枠を設ける以上、男性受験者がその枠から排除されていること自体は否定できません。したがって、総定員が増えていることは重要な正当化事情ではありますが、それだけで当然に適法となるわけではありません。
結局のところ、女子枠の適法性は、各大学の置かれた状況、制度目的、定員割合、選抜方式、既存一般枠への影響、代替手段の有無などから判断されることになります。したがって、個別具体的事情を考慮せず、一律に「大学の裁量だから合法」とも、「性別による差別だから違法」とも言いにくい問題という認識です。
どんな裁量権があっても「バスを増便します。白人専用です」みたいなのを認めてよいわけないでしょ。ましてや対象者は高校生だよ。これが問題外だと思えないのは、無意識に男性差別してるんだよ。