文化祭が何とか無事に終わり、ようやく部室でのまったりとした時間を取り戻したかに思えたのだが、いきなり入り口のドアを叩きあける集団があった。あのコンピ研である。自分達が開発したゲームで我がSOS団と勝負がしたいらしい。どうやらコンピ研が勝負に勝てば、以前ハルヒが話をつけたと思いながら無理矢理奪いとったパソコンを返すというのが条件なのだが…。ということで、ハルヒ司令官のもと、1週間後に勝負を控えたオンライン宇宙戦闘シュミレーション｢ザ・デイ・オブ・なんとか｣の特訓が始まったのである。そして決戦当日…。