生物で博士研究員をしている者です。
生物学の本当に弱いところであり、はっきり言って他の分野の方から生物学はサイエンスとして成立していないと言われても仕方がないレベルの欠陥だと思っていますが、扱っているものの性質上本当に細かい実験条件で結果が変わりますので、再現実験に失敗→論文が捏造 とは必ずしも言えないんですよ。
ましてや本文中の「細胞の種類によっては再現性がないこと」などはごく当たり前のことです。
使っているのがなに細胞なのか知りませんが継代すると性質が変わっていくことも珍しくもなんともありません。
また、細胞の試料(株の凍結保存ではなく形態が見られる状態のサンプル)を長期保存するのは、技術的には不可能ではないかもしれませんが少なくとも普段から日常的に行うようなものではありません。小田氏の研究室では大切な試料は長期保存する、というルールでもあるのですか？？
そうでもない限り、試料を「もう捨てた」というのはきわめて普通のことです。
あと、次の雇い止めの記事の内容もだいたい想像がつきますが、例えば仮に山中伸弥先生に、不十分な根拠で、「iPS細胞は嘘だ！iPS細胞はありませえん！」と3時間も食い下がり続ける部下がいたら、対応に困るのは当たり前ではないでしょうか。
告発者の保護は大切で、正しい告発をした人が不当な扱いを受けたのであれば断固として非難しますが、本件がそうであるかは冷静に注視しています。