幕末の京洛。芸者お京は勤皇派の“結び文”を持っていたことから新選組にはずかしめを受け、繊物問屋の若旦那清十郎との結婚にも夢破れた。復讐に燃えるお京は、新選組から受けた傷の上に卍の刺青を入れ、刺客稲葉俊兵衛のもとで女刺客としての修業を積んだ。やがて、刺客団の同志として迎えられたお京は、首領の淵上道策から、女の武器を存分に使えと指令され、あらゆる女の手管を用いて新選組の隊士を暗殺していった。そして、芹沢暗殺を道策から命ぜられたお京は、言葉巧みに芹沢の妾お梅に近づき、ついに彼を斬り裂いた。その頃、一橋慶喜の重臣平岡が、近藤勇のもとに駈けつけていた。古高の手引により倒幕派の志士が京都に潜入していることをかぎつけたのである。それから間もなく倒幕派の志士が集る三条池田屋に新選組が雪崩れこみ、三十余の命が散った。それは、新選組の拷問に口を割った古高の裏切りによるものだった。お京は、この打撃を挽回すべく、新選組を襲った。しかし、多勢には勝てず、危機を新選組や幕府要人を狙う仁蔵に救われた。そんな時平岡が、倒幕派を潰すために、道策を買収した。まもなく、平岡の暗殺が道策から発せられた。お京、俊兵衛らは、千本組屋敷近くの田圃道に、平岡の駕篭を糞った。だが、鷺篭は勅客団を誘い出すための罠だった。お京は急場を仁蔵に助けられたものの、勅客団は新選組の凶刀に全滅してしまった。金のために同志を裏切った道策、やがて、彼はお京の振下ろす執念の刀に世を去った。