一方、加計学園問題を追及する玉木雄一郎幹事長代理は、獣医学部新設に反対していた「日本獣医師会」の政治団体「日本獣医師政治連盟」から、平成２４年１２月７日に資金管理団体を通じて１００万円の政治献金を受けていた。
玉木氏は産経新聞に対し、献金は第２次安倍政権誕生前で、国家戦略特区制度が施行される１年以上前に受けたものと強調。「今回の特区問題とは一切関係ない」と答えた。
玉木氏は、政府が２７年の「改訂日本再興戦略」で示した特区認定の４条件を満たすなら「ぜひ獣医学部を四国につくってほしい。大型動物の獣医師は不足している」とも語る。
ただ、「石破氏が担当相を交代後、（特区認定にあたって）当初の要件を変えるような条件が設定された。政府はこの経緯を説明する責任がある」としている。蓮舫代表も２５日の記者会見で、「四国に獣医学部がないとの問題認識で特区を要望する質問はあっておかしくない」と強調した。
