AD2025、突如飛来した銀河怪獣により人類は存亡の危機に瀕していた。極度に人見知りな少年・流鏑馬鉄男は、自爆兵器ロボット「ユキオ」を救うためパイロットとして乗り込み、怪獣と戦うことに。いつしか“救世主”と呼ばれる存在になった鉄男は10年後、ユキオと共に宇宙で銀河怪獣との最終決戦へ挑む。2万体の怪獣群が迫る中、長きにわたる戦いに終止符を打つため、人類の命運を懸けた激闘が幕を開ける!