本当に問題とされているのは，理系の女子比率の低さではなく，工学部機電系の女子率の低さなんだけど，マイルドに理系と文科省なんかは言うから機電系以外の理系現場の教員や学生は違和感を感じるんでしょう。
で，機電系の女子比率を高めるには，そもそも高校女子の物理履修者を増やす必要があるので，これはいろんな要改善要素があります（小中レベルでの理科教育や将来の就職先の状況など）。で，この物理履修者数を増やさないで女子枠を採用すれば批判が出るのは当然です（私は女子枠積極的に採用する必要はない派）。
もっとも，物理選択者を増やそうとすると，生物や地学の関係者からも不満が出るわけで・・・