Kato

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Kato

@oxkawaka

構造生物学、元結晶屋で今は電顕屋

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医者「イギリスいたんだよね」僕「はい」医者「ハリーポッター好きなんだよ僕」僕「撮影地に住んでました」医者「え」僕「撮影地の中で飯食ってました」医者「え」

水深に対する水圧の説明展示ブタメンを使ってる理由は不明

論文読んでて「この手法、ええやん！」とmethodセクション読んでたまに起こる事論文「詳しくは先行Aを」先行A「先行Bを読め」先行B「先行Cの技」先行C「先行E由来」先行E「先行Dで確立された」先行D「この方法は先行Fが基」先行F「この方法は昔から知られてる」僕「Google閉じるか」

妻「服に使われるカチオンがね」僕「ナトリウムでも振りかけてるの？」妻「なにそれ？カチオンだよ」僕「カルシウムか？マグネシウムか？」通じ合わない夫婦の会話、カチオン（染料）とカチオン（陽イオン）

海外居て思った「論文書くの上手いなぁ」的な人 ①イントロの情報量多くない ②インパクトは明記しない。読者に気付かせる書き方 ③結果がシンプル ④伏線回収的な書き方してくる ⑤結局、文章量は多くない

昔、ヨーロッパでポスドクをしてた先輩から「進捗報告ですら謝辞をしっかりしないと海外では嫌われる」と言われた。提供したデータを「自分が全部やった」感を謝辞を含む言及が無く出されると本当に協力する気が失せる。信頼問題にすら発展する。海外だ日本だ関係無い、感謝は忘れず（自戒を込めて

構造生物学には「なんだ、、この、、メソッドは！？」がたまにある。それを以下でザッと紹介します

数年前の母「基礎研究？なにそれ？」数年前の父「で、俺の髪の毛はいつ蘇る？」最近の母「基礎研究ってすごいね、ワクチン開発とか」最近の父「なんか、新聞で科学に関する記事あったぞ」両親からたまに連絡が、コロナで『基礎研究』の見方が変わったみたいだ。髪復活は、もう少し待って

海外に来て聞いた「ネイティブの執筆速度ハンパねぇ」話 ①6時間のフライトで文章書き終わる ②結果を聞きながら書き終わる ③「何も無い」から1週間で図も含めて書き終わる ④朝に「書いてない」と言ってたのに夕方に書き終える ⑤退勤後の酒飲みで書き終える ⑥２日で3本書き終える

落ち着いて聞いてください。あなたが博士課程を過ごしてた5年間で、フェイスブックは学部同期や後輩の結婚の話題ばかりです（実体験）

病院にて医「化学者？」僕「生命系です」医「へぇ、何をしてるの？」僕「構造生物学で電顕を」医「電顕で何を？」僕「トランスポーターとか」医「え、解けるの電顕で！？」問診とは？？

研究は七並べなので所詮は誰かが出した7に続いて札を出してく作業かと。ただ自分が出した札がないと次の数字の札が出ないわけで。9ないと10出せないでしょ？出した札が「役に立つ？」なんて無粋かなぁ、その札だけ見たら役立たないだろうけど『七並べ』ですからね。（なんか見た）

とある論文を出版する ↓ 英語でそれをつぶやく ↓ 何人かの海外研究者にファボられる ↓ 酔って職探しツイート ↓ ファボった1人で査読者だった研究者から「俺のところに来い」とDMが届く ↓ 現在に至る

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Kato

@oxkawaka

Oct 20, 2022

どうやってポスドク先を見つけたかたまに聞かれるが、俺は参考にならない酔って英語で職探しなうとつぶやき、気付いたらDM来てて、気付いたらオックスフォードで構造解いてるのだから。とりあえず学生よ、酔ってつぶやけ（そうじゃねぇ）

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De novo evolution of macroscopic multicellularity なぜ単細胞生物は多細胞生物へと進化したのか。人類、ついに酵母の多細胞化に成功する

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De novo evolution of macroscopic multicellularity

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修論や博論は9月から書いた、理由は某人の一言で「12月に『修論博論』って騒ぐ人は計画性あるのかな？結果と関係なく書ける所は多い、少しずつやって12月に肉付けならクリスマスも正月も楽しめるよ。騒いでる人はこの先を見通して研究できるのかな？」言葉はキツイが、否定できない教えだった。

吹き抜けの研究棟です

先日、とんでもないプレゼンを見れた。研究の特性上、20-60秒の動画とにかく多い。しかし、本人はラップトップもスクリーンも見ず聴衆の目を見て話してる。動画の内容と発表者の説明が寸分狂わない。「えっとー」的な事も言わず、全くズレない完璧すぎて圧倒された、引き込まれた1時間だった

カウンターで対応してくれたのはアルバイトの薬学部学生だったおじ「この人、生物の研究者」学生「そうなんですね」僕「OAT1って知ってる？」学生「はい」僕「あの立体構造、解いたの僕です」学生「え！？え！？！？」サービスで水割り焼酎貰うという

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Kato

@oxkawaka

Jan 20, 2024

昨日の美味しいレストラン、80近くには見えない若々しいシェフだったおじ「こーゆー歳の人が修行してた頃、師匠に鍋で頭どつかれたりしてたんだよ」シェフ「僕の師匠は優しくてされた事ないです」僕「良い師匠だったんですね」シェフ「僕は昔、弟子の頭をどついた」目が一瞬、怖かった

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構造生物やってると皆知ってるけど、意外と構造以外の人が知らないっぽいので基質の相互作用をweb上で見る方法 ①PDBサイトへrcsb.org ②目的タンパク質のページへ ③small moleculeのタブへ ④右に表示されてるligand interactionをクリック ⑤眺めるこれだけ

朝、着替えてたら後頭部に激痛 ↓ その場に倒れる ↓ 10分近く呼吸困難 ↓ 全身汗だく ↓ なんとかベッドに ↓ 気が付いたら病院に ↓ 気が付いたら後頭部丸出し手術みなさま、脳は大切に

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Kato

@oxkawaka

Jun 22, 2023

お久しぶりです約2週間前、くも膜下出血で緊急手術し入院中の男です。出血範囲が狭かったので、知能・認知・(最低とは言え)性格などは発症前と同じです。もう少し、病院生活します。応援してくれる人は@torusengoku に寿司を奢ってもらってください。

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Machine learning-aided engineering of hydrolases for PET depolymerization 機械学習でPET分解酵素を改造したよ ↓ 1週間くらいで分解完了 ↓ 分解産物からPETを再度作ったよ ↓ PET回収から再合成の経路完成なんだ、この強すぎる論文

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Machine learning-aided engineering of hydrolases for PET depolymerization

From nature.com

構造生物学を志す学生の皆さん、この分野に携わると「構造を見えれば仕組みを理解でき、そして手を加えられる」能力が身に付きます。実際、私は先ほど故障した自転車のブレーキの構造を見て仕組みを理解し2分で修理できました。構造生物学すごい

私と研究、どっちが大事なの？と聞かれたら、そりゃ君であるということを立証する研究をします

基本的に学会は誰にも追いつかれない位のレベルまで達してからじゃないと発表しない（論文を書き出してるとか、リバイスが済んでるとか）ポスターすら、前に立ったにないと勝手に写真撮る人居るし。情報と手法が盗まれる場所、と学会は思ってる

ナースに「ハリポッターのスタジオが人気なんですよ」と言われた。すまん、俺は撮影場所のオックスフォードで働いてたから、あまり興味ない

お久しぶりです約2週間前、くも膜下出血で緊急手術し入院中の男です。出血範囲が狭かったので、知能・認知・(最低とは言え)性格などは発症前と同じです。もう少し、病院生活します。応援してくれる人は

に寿司を奢ってもらってください。

ちなみに、所属はこうなります。

皆さんにご報告があります論文受理！

後輩から「構造系の最新論文をどうやって探してる？」と質問され僕が論文系ツイート多い理由はそこにあるわけで

学振の季節です、「書けない」「締切近い」「業績ない」とか言ってないでさっさと初稿作って色んな人に添削してもらいましょう。経験的に初稿が遅い人ほど救えない場合が多いです

静寂を切り裂いて、いくつも構造が解けたよ

タンパク質、お前ってヤツは新年にも使えんのかよ

本日をもって、アカデミアをしれっと去ります。いや、やる事は変わらない？のだろうけど世話になった皆さん、ありがとうございました。尊敬と敬意、を叩き込まれた事は忘れずに生きていきます

おじさんは「膜タンパク質をPAGEする前にボイルするな」と何度も何度も言ってきたはずだぞ（何か見た）膜タンパク質はボイルしないんだ。身近な例だと25 kDaの膜タンパク質はボイルするとバンドが検出されないんだ、凝集してウェルにスタックするんだ

「研究に集中したい」と言われ別れ、次の日マンションのベランダでタバコ吸ってたら元カノが知らない男と腕組んで歩くの見て、ベランダで泣いてたら隣のOLさんに救われて、それから半同棲が始まった話しましたっけ？壁に穴あけられない角部屋なワイでした

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トクロンティヌス

@tokurontinus

Feb 21, 2023

大学生のときに同棲しても、別れ話がこじれて壁に穴を開けられたりするので、良いことばかりではないさ次の扉をノックしよう

タンパク質の構造の勉強に何を読めばと聞かれて、勧めた本。ただ絶版らしく出版元のサイトから消えてた。図書館とかアマゾンの中古でしか手に入らないらしい

似たような経験を幼い頃しました。その時の親父の返答は「再生した」でした。人生で最初に聞いた『再生』という単語はこの時です

日本とイギリスでポスドクをして最近感じたことがあって『実験』＝『研究』と言う、成り立ってはいけない等式が普通の世界線がある。実験と、研究は、全く違うのに

学生の時の学会の思い出街に繰り出す元気がなく、ホテルの隣にある飲み屋のカウンター過ごしてた。すると、２個隣のおっさんも学会参加者らしく、お互い自己紹介して研究の話を始めた。すると気づいた、その人はとあるタンパク分野で世界を牽引する大御所。気付くまで生意気に構造を語ってた。