人違いで誘拐されてしまった阿笠博士。黄色い逃走車を追っていた千速とコナンだったが、頼みの綱である探偵バッジが誘拐犯に見つかり、処分されてしまう。阿笠博士が持っていた盗聴器から聞こえる音だけで追跡を続ける中、千速は逃走先に検問があることに気が付く。安堵する二人だったが、到着して告げられたのは「黄色い車は通過していない」ということだった。犯人の車はどこに消えたのか? 阿笠博士にタイムリミットが迫る!