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【自己紹介】
「解析がブラックボックスで怖い」
「論文を読んでも再現できない」
「バイオインフォマティクス、何から始めればいい？」
そんな研究者向けに、
“ゼロから分かるバイオインフォマティクス”
を発信しています。
山口昌雄｜バイオインフォマティクスをゼロから解説｜アメリエフ代表
山口昌雄｜バイオインフォマティクスをゼロから解説｜アメリエフ代表
1,677 posts
山口昌雄｜バイオインフォマティクスをゼロから解説｜アメリエフ代表
@chemi384
日本一わかりやすく
バイオインフォマティクスを解説する社長
・2009年創業｜バイオインフォ企業CEO
・NGS解析／創薬・臨床データ解析
・研究者の「解析×キャリア」を発信
・東京科学大学 客員教授（2023 年～）
初心者向けバイオインフォマティクス
Discordコミュニティ運営中
（独学・質問歓迎）
初心者向けバイオインフォマティクス
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（独学・質問歓迎）山口昌雄｜バイオインフォマティクスをゼロから解説｜アメリエフ代表’s posts
【アメリエフ新卒採用】27博士卒の募集、2月から開始です！
以前から博士採用に力を入れていましたが、26卒から特に注力してて、既に4人が内定です。（社員数30人くらいの会社としては多め）
興味のある方は、まずインターン応募から！
#新年だから大学院生と繋がりたい
次世代シーケンサNGSのデータ解析を始めようと思って最初にぶつかる壁は、相談相手が見つからないこと。
つまづいた時に親切に教えてくれる人がいるだけで、研究の生産性が何倍も違ってくる。
数年前までは全く正しいご指摘と思いますが、ここ数年は研究に注力するラボから、戦略的にバイオインフォマティクスを担える人材を育成＆輩出してて、民間企業で活躍し始めています。
そういう優秀な人材がアカデミアには残りづらい環境はありますが、民間で活躍しているので、未来は明るいですヨ！
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jolin
@doctoryuri1205
バイオインフォでPhDとってる強者達を金で正当に雇うのが米国だが、たまたまラボに入学したオタクがたまたまプログラム好きで、勝手にバイオインフォ好きになって、勝手に解析やってくれるようになった、が日本。
Replying to
字幕ありがとうございます。
最後に「シェアして」とあるので、字幕つけるのはむしろウェルカムだとおもいます。
次世代シーケンサを使ってみようと思ってサンプルを外注に出したはいいけど、返ってきたデータを開くこともできず途方に暮れる研究者の多いこと、多いこと。
いつから始めても遅くないので、バイオインフォマティクスの情報収集からやってみてください。
令和5年度版の研修が、受講者を募集中です。
amelieff.jp/mhlw_workshop/
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ひよこ
@bio_labcode
厚労省が出してる「がんの全ゲノム解析」の資料力作過ぎて感動した。特に応用編で紹介される解析の充実具合はすごい。
入門編：mhlw.go.jp/content/001040
応用編：mhlw.go.jp/content/001040
「自分のやりたいことを『探す』」という人多いけど、これは間違い。
やりたいことはどんなに探しても見つかりません、『創る』んです。
早く勘違いに気付いて欲しい。
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ゆずきち@元公務員転職活動中
@yuzukichi086
【ご報告】
3月31日をもって公務員を退職することにしました。
大好きで、憧れた仕事でしたが、うつ病になり任された仕事が出来なくなりました。
これ以上頑張れないと思い、退職を決断しました。
すごく辛くて情けなくて、涙が止まりませんでした。
これから、自分のやりたいことを探したいです。
ついに200ドルゲノム時代が到来！
ヒトゲノムプロジェクトの時代は200万ドルだったから、15年で1万分の1のコストに
ムーアの法則をはるかに上回ってる
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National Human Genome Research Institute
@genome_gov
At one-time genome sequencing costs were at $2 million. Now you can get it for only $200! But there's a catch! wired.com/story/whole-ge via @WIRED
「仕事ができる」とは何か？と若手からよく聞かれますが、いつも応えているのはこちら。
指示されてもできない人、指示されたらできる人、指示されなくてもできる人の3段階のうち3つ目。
仕事は「相手に貢献する」ことなので、相手が望むことを想像して、次のアクションを考えて、実行までできる人。
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ゆ
@ICSyuu
「仕事ができる」って何をもってそう言うんだろ。。
スピード、正確さ、コミットメント力、ロジカルさ？全部できること？
バイオインフォマティクス分野では珍しいインターン募集のお知らせ。
特に博士課程学生を歓迎しているのが特徴的。
創薬研究や医学研究で生のバイオインフォマティクスに触れたい方はぜひご応募を！
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アメリエフ株式会社広報
@AmelieffPR
大学院生向けインターン・新卒採用募集のお知らせ
アメリエフでは、インターン（2025年春夏）の募集を開始いたしました。
現在、新卒採用の応募も受け付けております。
皆さまからのエントリーをお待ちしております。
エントリーはこちら：
バイオインフォマティクスの実践的な解説をするYouTubeチャンネルを解説し、最初の動画「バイオインフォマティクス・データ解析サーバ構築」を投稿しました。
素人丸出しで大変恥ずかしいのですが、何事も踏み出さないと始まらないので、最初のチャレンジです。
youtu.be/NcsFPKTCVfE
今からRを勉強する人も、すでにR使いな人も、この相関図は見ておいて損はない
qiita.com/wasabi_sugi/it
バイオインフォエンジニアの成長段階 Lv1, 2
Lv1．Linuxコマンドを駆使しOSSのインストールと実行ができる
Lv2．スクリプト（Python, Ruby, Perlなど）を書き、目的の処理を自動化できる
--- 動いたウェーイ段階（初心者をクリア） ---
そっか。
博士号持ちアイドルグループ結成と聞いたから女性だけをイメージしていたけど、半分くらいは男性も応募してる。
男女混合アイドルグループってあまり聞かないけど、頑張ってほしい！
PhD48！
Quote
博士アイドル化計画
@PhD_idols
メンバー全員が博士号持ちの任期付きアイドルグループを結成するオーディション企画 #博士アイドル化計画 が始まりました。今週から一次審査の動画審査を開始します。博士の応援よろしくお願いします！ @PhD_idols
phd-idol-project.com
起業家も一緒ですね。
仕事が楽しくて、成果が出なくて辛くても、それも楽しみながら仕事をし続ける。
研究者 兼 起業家の自分は、毎日ファミコン（例えが古いけど原体験なので）やってる感覚です。
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おしお (Ph.D)
@shi_tanman
研究者って、
仕事（研究）が生きがい！
仕事できないことがストレス！
仕事で自分が成長出来ることが楽しい！
みたいな人が多いと思いますが。
世間を見渡せば「仕事はお金のため、アフター5こそが本当の自分」と思っている人も多くいるし、それが別に悪いことではないことも忘れないようにしたい。
今年のノーベル医学生理学賞だけでなく、化学賞も我々バイオ研究業界には熱いテーマです。
実験医学 12月号の特集記事のお陰で、ファージディスプレイ法について凄さがよく分かりました
博士号保持者を活躍させられる体制になっていない企業が多すぎる
全ての企業が博士を活かせるわけではないが、メーカーやIT系中心に活躍できる場は多い
企業内で博士を（言い方悪いけど）上手に使うことができないのは、使い方を知らないから
博士の取説が有れば良いが、誰か良書知りませんか？
Quote
田口善弘＠発言は私の個人としての見解であり中央大学やその機関の意見を代表するものではありません
@Yh_Taguchi
それにしても本当にこんなに多くの人が何とかして「D持ちが修士卒に比べて就職で評価されないのは妥当である」という論理を捻くりだそうとする現状に驚き。海外の企業ではD持ちがちゃんと企業に評価されていて、日本企業の方が例外だと何度も言っているのに分からない。
リンクアンドモチベーション主催のセミナーで、グッドパッチ 土屋社長の講演、すごく良かった。
印象に残ったセリフ『トップが組織に向き合わない会社に未来は無い』
#リンクアンドモチベーション #グッドパッチ
ヒトゲノム解析プロジェクトの完結が間近！
現在のヒト参照配列「Build38」が更新されて、最終版とかになるんかな？
A complete human genome sequence is close: how scientists filled in the gaps nature.com/articles/d4158
東京医科歯科大学で開設されている「医療・創薬 データサイエンスコンソーシアム」での講義の一環で、GWASデータ解析を6コマ担当することになりました。
今日は最初の講義で3時間みっちりPLINKの使い方などやりました。
md-dsc.com
#東京医科歯科大学 #データサイエンティスト育成
バイオインフォエンジニアの成長段階 Lv5
Lv5Info．アルゴリズムを開発できる
Lv5Bio．研究目的に沿った処理方法を提案し実行できる
Lv5Edu．Lv4．までのエンジニアを育成できる
（まだ修正予定なので暫定版です）
# バイオインフォエンジニアの成長段階
バイオインフォエンジニアの成長段階 Lv3, 4
Lv3．処理の結果について、QC上の検討ができ、パラメータなど改善ができる
Lv4．処理の結果について、生物学的な解釈や意味づけができる
--- 理解して処理ができる（一人前） ---
最近、インターン生や就活生、起業検討中の学生さんと会話する機会が多いけど、毎回気づきと元気をもらえている。
知識と経験が無いことで斬新なアイデアとか活力が生まれているように見える。
歳を取ると過去の経験や知識が邪魔をしてチャレンジしづらくなるから、とても貴重な経験になってる。
Quote
PuANDA
@shoichirosm
年を取れば取るほど謙虚さは金なり。
無能な人ほど未経験者や素人を下に見たりバカにする。
既成概念を疑うことの重要性を知っている人は、未経験者や素人の意見を尊重する。
この差が組織力・国力となって現れるのだ。
仕事でも人間関係でも細部まで気を遣える人は、自分の身だしなみにも気をつけている。「人は見た目が9割」というけれど、身だしなみを整えることは仕事の質にも直結する。
新生児の全エクソーム（WES）解析プロジェクト「BabySeq」の報告
乳がんやリンチ症候群（がん）などACMG59の遺伝子変異を解析
Interpretation of Genomic Sequencing Results in Healthy and Ill Newborns: Results from the BabySeq Project
この動画観て救われました。
薄々わかってはいましたが、僕もADHDですね。
何かやっていても、別のことに目が移ってそっちをやってしまったり、3秒前に考えていたことを忘れたり、ルーチンタスクを忘れたり。
対策は徹底的にメモ！
Quote
karin
ノマドSNSデザイナー
ノマドSNSデザイナー@okarin0720
【ADHDで悩む人へ。。！】
3秒前に考えてたこと忘れるし
ジッとしてられないし
時間守ったり逆算苦手だし
そんな私がフリーランスをやる上で気をつけてることを動画にまとめました！
ぜひ見てみてね
youtu.be/sT4QWT4hLfw
先月29日の日経産業新聞一面にアメリエフのゲノム医療の取り組みが紹介されてました！
がんのDNA配列を分析するデータサイエンスのところで、大企業と並んで紹介されたのは凄く嬉しい♩
さらに加速させていきます！
ゲノム情報だけでなく、医療情報はとても複雑かつ扱いが難しいため、専門職「ヘルスケア・データサイエンティスト」の育成が必要です。良い記事。 tech.nikkeibp.co.jp/atcl/nxt/keywo
ようやく、明日の大学院講義の資料が完成。
自分でデータに触れて解析する機会が減ってるから、試行錯誤に思いの外、時間が掛かってしまった。
写真の参考文献にはとてもお世話になりました。
今夜はゆっくり寝られます。
【PHCグループ入りのお知らせ】9/30付で、アメリエフ株式会社はPHCホールディングスのグループ企業となりましたのでお知らせします。バイオインフォマティクスによる生命科学研究に加え、ゲノム医療支援サービスも強化していきますので、どうぞよろしくお願いいたします。
バイオインフォマティクスにも同じことが言える。
「『データの可視化』が費用対効果の高いスキル」
RやPythonを使って作図するクリエイタースキルと、データの内容を理解して何を表現するか考えるデータサイエンティストとしてのスキルの掛け算。 t.co/Btb7lvOpmx
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今年度も、東京医科歯科大学の非常勤講師を拝命いたしました。
昨年度までと同様、GWASデータ解析の講義・実習に加えて、アントレプレナー関連も担当することになります。
ヒトに教えると、自分にとっても大きな学びになるので、講義準備から頑張ります！
