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Susumu Yoshizawa
Susumu Yoshizawa
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Susumu Yoshizawa
@qo_opYoshizawa
光を利用する微生物の研究をしています。光と色が大好きです。絵も描きます。物の色っていうのは、光のあり方で変わってくる相対的なもんです。 だから 絶対音感はあっても絶対色感は無いんだー。 けれども絶対色感を持っていると思ってる。なんとなく雰囲気的に。ムーとかススムとか呼ばれます。
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スーパーカミオカンデの中の水を濾過して、ちょびっとだけ寒天培地にまいた。
さて、どんなバクテリアが見つかるのか？育つのか？そして、去年と変わってるのだろうか？
先日、とある方から『海辺で発光生物を見かけたんですが、この生物はなんでしょうか？』という問い合わせを受けました。２０２４年９月８日、場所は円月島。 特徴は、緑色で、かつニョロニョロ動いていたそうです。
（本人から掲載許可をいただいています）
アユの腸内には淡水にはいないはずの発光バクテリアがいるんですよね。海にいた時に入り込んだに違いない、が、一生淡水で過ごす魚には発光バクテリアはいないはず。
発光バクテリアは基本淡水にはいません。
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日本の研究.comニュース
@rjp_news
【注目プレスリリース】海と川を行き来する魚は「海らしさ」を失いながらも 海由来の物質を川へ届ける / 京都大学,摂南大学,富山大学,総合地球環境学研究所,東北大学 research-er.jp/articles/view/
スーパーカミオカンデの中の水を濾過してます。さて、どんなバクテリアが見つかるかな？
昨年と同じバクテリアがいるのか？それとも変化してるのか？
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基本的にスーパーカミオカンデの中の水は、入れた時は超純水。ただ、施設自体を滅菌することは不可能なので、スーパーカミオカンデの中の水はあまりバクテリアの多くない水くらいです。
このサイズ（5万トン）の水を無菌状態に維持するのはおそらく不可能。
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クリーンルームを使わなくてもコンタミしないのか？ってコメントもありますが、使った方がベター。じゃー使えない場合はサンプリングしないのか？
分離培養はカミオカンデの中にいるバクテリア群集構造を調べるためにやってない、ので、もしコンタミしててもそこまで問題じゃないです。
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そうです、光を顕出する装置なので、常に光の当たることのない水で、充填するときは超純水です。
大容量の水を無菌状態で維持するのはおそらく不可能で、どんなに頑張ってもどこかからコンタミしてしまいます。今回はそのバクテリアを調べに来ています。
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濾過した水をちょびっと寒天培地にまいたのではなく、『濾過&培養』です。
濾過は5L、培養は100ulくらいです。
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群集構造解析に使う器具類は全て滅菌済み、無菌的に水を滅菌バッグ入れてしまえば、あとはほぼコンタミする可能性の無い濾過作業。なので、どんなバクテリアがいるのか？という解析は無菌操作してます。
ちなみに海水中のバクテリアの99.9%は寒天培地上でコロニーを作らない、と言われてます。
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Susumu Yoshizawa
@qo_opYoshizawa
カミオカンデの中の水の優占種は分離培養できます。寒天培地上で普通に増殖するんですよ、不思議なことに。 x.com/nkjmu/status/1…
みんなが不思議に思うかもしれない「カミオカンデの超純水中にバクテリアなんかいるの？」ですが、そもそもこの規模の水を無菌状態で維持するのはおそらく不可能です。
ロドプシンがゼアキサンチンを集光アンテナとして利用できることを明らかにし、この様なロドプシンが全球的に広く分布することを示した論文が出版されました！
ラボのD1学生（共同筆頭）の修士研究の成果です！Natureなう！ nature.com/articles/s4158
僕がつらかった理由の一つは、自分の計画性の無さ、無知さ。
学振も知らない、研究のやり方も知らない、論文ってそれ何？みたいな感じで進学してしまったこと。さらに指導教員も何も言わないタイプ、研究航海楽しいので積極的に乗る、とかしてたら漠然とした不安を抱えながら博士3年になってた。
魚の体表、腸管を爪楊枝でグリグリして、寒天培地に画線するとどうなるか？
の写真が抜けてたので追加しました。
カサゴ、キンキの腸管から培養した細菌、ほぼ全て光ってます！
発光細菌しかいないんじゃないか！？くらい全てのコロニーが光ってる。ちょっと信じられないですね。
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Susumu Yoshizawa
@qo_opYoshizawa
発光細菌の分離方法をホームページにまとめました sites.google.com/edu.k.u-tokyo.
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大きな発光生物の専門家である さんに聞きました。動き方や発光色の特徴から、ゴカイ類の可能性が高いということを教えてもらいました。もし他の場所でもこんな生物発光を見たことがある！などがあればコメントがあれば頂きたいです。
cambridge.org/core/journals/
JAMSTECで見せてもらった、ゴエモンコシオリエビと鯨骨についたチューブワーム。
名前もよく聞くし、論文でも見かける生き物だけど、なかなか生きた状態で目にすることがない生き物。
ゴカイは緑色に光るようです。自分の目で見てみたいですね。
バクテリアが他の生物よりも先に絶滅しない理由の一つが、ビタミンB12の生産能力。B12は原核生物しか作れない必須物質だから、バクテリアが滅んだらほぼ全生物が死んじゃう。
牛乳を飲むと摂取できるみたいだけど、腸内細菌が作ってるみたい。
他にもバクテリアに依存してる物質たくさんありそう。
一億年前のホタルの色を再現。
使った配列数が少ないから、活性まで再現できたのかな？
現世に無い発光色が出てくることは無いと思うけど、現世のホタルよりも長波長の光を放つみたい。 advances.sciencemag.org/content/6/49/e
博士であることは、ハンターライセンスを持ってるのに似てるのかもしれない。
普通の人が入れない施設や場所に、、、調査で比較的すんなり入れてしまう。
