交通渋滞・騒音・安全などの「公共の福祉」は、法的に十分考慮される対象であり、それらが無視されてよい訳ではもちろんありません。
モスクと行政ができることとして、考えれるのは、以下の建設許可に条件を付けなどが考えられます。
駐車場確保、モスク側からの誘導員配置、利用時間制限など安全計画の提出義務などと思います。
今日までの金曜日礼拝に関して、
神戸モスク含め各地のモスクが憲法12条と13条に違反しているかどうかは私は細かい詳細は素人なので判断しかねません。
民事裁判もモスク関連で上記の条に関して起きてませんので、明言は控えさせて頂きます。