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Showdown am Horn von Afrika: Während sich Laytons Truppen weiter durch den „Snowpiercer“ nach vorne kämpfen, zettelt Ruth eine Rebellion unter den verbliebenen Passagieren an. Später bekommt Josie die Gelegenheit, sich an Dr. Headwood zu rächen, doch sie zögert. Unterdessen leitet Dr. Nima Rousseau die Startsequenz der Rakete „Icebreaker“ ein. Der fanatische Wissenschaftler ist fest entschlossen, Gemini in die Stratosphäre zu schießen - allen Risiken zum Trotz! Eine Sabotageaktion von Alex verhindert das Desaster in letzter Sekunde, sodass den Überlebenden die Chance auf eine Zukunft im „Neuen Eden“ bleibt...
Der Kampf um die Kolonie und um „Big Alice“ geht in die finale Phase. Als Layton und seine Leute realisieren, dass die gegnerischen Soldaten keine Munition mehr haben, stürmen sie den Zug. Dr. Nima Rousseau versucht die Sprengsätze in den Bergen zu zünden. Damit würde das „Neue Eden“ durch eine gewaltige Lawine zerstört werden. Aber die von Javi installierten Störsender machen dem abtrünnigen Wissenschaftler einen Strich durch die Rechnung. Außerdem enthüllt Melanie, dass Nima Alex' biologischer Vater ist. Der durchgeknallte Klimaforscher weigert sich jedoch, seine Fehler einzugestehen und will Gemini um jeden Preis starten.
Javi hat die Explosion der Sprengfalle überlebt. Er bringt „Big Alice“ mitsamt den Überlebenden aus dem „Snowpiercer“ in die Kolonie. Derweil bereitet Dr. Nima Rousseau einen Angriff auf das „Neue Eden“ vor. Für den Start des Gemini-Projekts benötigt der abtrünnige Wissenschaftler und Eiszeit-Verursacher nämlich beide Züge! Alex gerät zwischen die Fronten, wobei sie mit Waffengewalt gezwungen wird, das Gleis für „Big Alice“ freizugeben. Layton, Josie und Liana werden unterdessen von Roche gerettet, der es im Chaos geschafft hat, den Soldaten von Admiral Milius zu entkommen.
Nach seiner Flucht aus Ebene 3 befreit Layton Josie und Liana aus dem Kälteforschungslabor von Dr. Headwood. Melanie und Alex finden anhand von Klimadaten heraus, dass Gemini die Erdatmosphäre endgültig zerstören wird. Sollte der Stoff wie geplant zum Einsatz kommen, würde auf die Eiszeit die totale Auslöschung allen Lebens auf dem Planeten folgen! Später schaltet Mr. Wilford Admiral Milius aus. Aber als Layton ihn für seine Taten zur Rechenschaft ziehen will, wählt Wilford den Freitod. Dr. Nima Rousseau, der als Urheber von CW-7 entlarvt wird, schnappt sich den „Snowpiercer“, um die Rakete zu zünden.
Als Admiral Milius zu drastischen Mitteln greift, sind Layton und Mr. Wilford gezwungen eine Allianz zu bilden. Später offenbart Dr. Nima Rousseau prekäre Details über das Gemini-Projekt. So wurden auf Ebene 3 des Forschungsbunkers Experimente an Menschen durchgeführt, und auch Alex' rätselhaftes Nasenbluten ist eine toxische Nebenwirkung der Chemikalie. Derweil haben die Geflüchteten an Bord von „Big Alice“ mit Problemen zu kämpfen und im Umland der Kolonie macht Osweiller eine fatale Entdeckung. Er stößt auf Sprengsätze, die am Berghang platziert sind, um das „Neue Eden“ unter einer Lawine zu begraben...