ドラフターさんのこの問題提起、かなりいいです。
ポイントは
「B回路だと、リセット押しっぱなしの間は非常停止がソフト的に効かなくなる」
という点です。
仮に別の作業者がリセットボタンを押したまま離さなかったとします。
この期間、入力は常時ONになり、ラダー上のb接点は常時開放。
非常停止ボタンを押しても回路が成立せず、ハード的には遮断されている前提でも、ソフト的には非常停止作動フラグが一切立たず「何も起こっていない」ことになります。
A回路はリセットの状態に関係なく非常停止が入った瞬間に必ずフラグが立ち、リセットは自己保持を切るためだけに使います。
非常停止に限らず、リセットの先押しによって異常が起きない、回避できるなどの不具合はあってはなりません。
全ての異常回路に対し、きっちりアラーム発報されるか確認しましょう!