天皇家 近親婚が普通だったのは結構ですが、 変な子供が生まれる率が高いのに気づかなかったんですかね？

近親婚は確かに多かったかもしれませんが、古来より大きなタブーがありました。それは、同じ母親から生まれた兄妹(姉弟)同士の婚姻あるいは姦通です。 日本では江戸時代まで側室が許されていたので、腹違いの兄弟が結構いたと思われますので、似通った遺伝子をもつ男女が結婚する率は低かったんじゃないでしょうか。 また、確かに常染色体優性遺伝の遺伝子で、ヘテロ同士の交配が行われた場合1/4の確立で劣性の形質が発現しますが、多くの遺伝形質は必ずしも一つの遺伝子でのみ支配されているわけではないので、あまり変な子(素人が見て明らかにそう感じる、畸形のような遺伝形質を持つ子供)は生まれなかっただろうし、また、生まれたとしても早逝しただろうことや、当時の子供の死亡率の高さから考えても、他人が気づくほど変な子供が成長する率は高くはなかったんじゃないかと思われます。 逆に、ごくごく稀に生まれてくる優秀な子がクローズアップされることのほうが多かったのでは?

近親婚による子と、近親婚によらない子を それぞれ１万人ずつサンプリング調査して、 たとえ障害児の有無に有意の差が出たとしても、 それが本当に近親婚によるものかどうかは 断定できません。 遺伝的に純系なヒトを充分な数だけ用意し、 管理された環境で繁殖させて調査するなら あるいは科学的にモノを言えるかもしれませんが、 多分そんな調査はこれからも行われないでしょう。 たとえば、ある兄妹の間に障害児が生まれたとして、 それを「近親婚のせいだ」と断言できる人は、 その兄なり妹が他人と結婚していたら健常者が 生まれていたはずだ、と証明する義務があります。

子供をたくさん生んでたくさん死ぬのが昔の習いですから、本当にわからなかったかもしれません。

look_packさん の回答に基本的同意です。 付け加えれば、記紀を読めば古くは兄弟姉妹が入り乱れ 近親婚があったり、兄の娘を数人弟が嫁にしたり凄いものです。 しかし、その記述も歴史改ざんの中での帳尻合わせと想像できるので 伝わっているほどの事でも無く、また近世では皆無であったと私見します。 記紀の中では、同父同母の近親婚はタブーとされているようですね。

スペインのハブスブルグ家なんかは 「高貴なる青き血族」とか言って、血族を重視したので 同族で婚姻を繰り返した結果、 生まれる子供がことごとく虚弱で、バタバタと死んでいってしまいました。 結局、５代で潰えてしまうのですが ハブスブルグ家と天皇家の違いは、ハブスブルグ家はキリスト教の盟主と言う立場だったので （愛人はいたかもしれませんが）正妻の子でしか王様になれなかったのです。 それで、正妻は王の妹の娘とかばっかなんで・・・・・・。 子供の遺伝子的は血が濃くなりすぎちゃったんですね。 一方で天皇家は中宮とか第二夫人、第三夫人の子でも即位できたので 正妻の子が血が濃すぎてしまい、虚弱でさっさと死んでしまったら 第二夫人とかの子が天皇になるので、濃くなった血縁は死んでしまうと言う 自然淘汰ができてしまっていたんです。