ご回答頂きありがとうございます！
今回の一時停止機能はオペレータがワークの状態を確認する為につけております。その為、手動操作（手動モード）に入った時点で自動運転のサイクルが切れ、設備は停止状態になります。ここからの復帰は通常の手順通り原点復帰からとなります。
ぶたまるさんの仰る通り、何か操作してから復帰する仕様の場合はあらゆる干渉を考慮しないといけませんね！
また今回の装置のエンドユーザー様も含めて、私のエンドユーザー様の多くはPLCでどんな事ができるかを知らないお客様が多いです。また内製設備ではなく、私も外注の制御設計者という立場なのでエンドユーザー様と接する時間も短く予算も多くはありません。
これは私の進め方になりますが立会、もしくは現地据付までになるべく多くの機能を装置に搭載し、実際に使ってもらった上で不要であれば削除するというやり方を採用する事が多いです。仕様書がない設備や上記でお伝えしたようなお客様も多い為、「何がどこまでできるか」を把握できていない可能性もあり、私が機能を盛り込んで実際に見せると「これはいいね！」と言ってもらえる事もある為です。
このやり方が必ずしも良いとは思いませんが現状はそのような仕事の進め方をする事が多いです。
「仕様書の記載の有無」ではなく、「エンドユーザー様の使い勝手の良さ」を最大限達成できればと思い毎日苦戦しながらも仕事を進めております笑
長文失礼致しました。ぶたまるさんの感想も記載頂けると幸いです。