京都の港町で、浦島太郎になぞらえた怪事件を追うコナン、蘭、小五郎。しかし、事件の糸口がつかめないまま夜を迎える。その時、再び浦島太郎のメロディが鳴り響き、容疑者の一人・富樫瞳の遺体が港に浮かぶ。止められなかった事件の連鎖。悔しさをにじませるコナンたちの前に、京都府警の警備艇が現れるーー。その先端に立つのは、シマリスを連れた綾小路文麿警部! 水面のように揺れる真実、その先で待つ決死の攻防とは!?