・株式会社の税務は定款の目的に関係なく益金と損金だけで考えるので、定款外の業務をしていたからといって税務上問題になることは基本ないと思います。
・消費税の申告書はそもそもなぜ消費税の申告書を出しているのかもよくわかりませんが、申告期限が決算日から2ヶ月以内なので、当該会社が8月決算だとするならば、おそらくまだ訴訟時点で2022年8月期分の申告書を作ってなかったんじゃないですかね？よく分からないです。
・消費税は課税売上引く仕入控除額で課税標準を計算するので、非（不）課税取引となる給与手当もマイナスされませんし、住居用の不動産収入なども含まれません。逸失利益を主張するなら消費税申告書ではなく会社法上の計算書類か、法人税の申告書を証拠とすべきでは？と思いました

法人が定款の目的に記載していない事業を行う権利能力を有するか、に関して、営利法人については取引関係の網の目の保護（動的保護）のため、判例の積み重ねでなし崩しに「何でもあり」（苦笑）になってます。
非営利法人については法理に寄っていて、財産の静的保護のニュアンスが強いままですが。

団体の権利能力の限界は、判例百選に載るレベルですからね。
新たな著名憲法判例が出ると思うと、胸が熱くなりますね

１月１０日追記分について

反訴被告書面（えりぞ氏側）
＞(2)　違法性阻却事由はない
＞ア　仮に、社会的評価があり得るとしても、違法性阻却事由がある。
→
（２）違法性はない
ア　仮に、社会的評価の低下がありうるとしても
？
ーー
あと反訴原告の反論にも（借金玉氏側）
＞第２　「(2)　違法性阻却事由はない」ことに対し
→
第２　「(2)　違法性はない」ことに対し
？
ーー
そのママが正しければ失礼しました。