同じフォルダに保存を繰り返したら読み込みが遅くなる

サムネイル表示をオフにしてもそうなのだとしたら、わかりません。

サムネイル表示が常時オンでどうしてもそればかりはゆずれないのでしたら、サムネイルキャッシュを一度すべて削除してみましょう。

表現や表記に失礼があるかもしれませんが誤字、脱字含めご容赦ください。

>エラーチェック、デフラグはどちらも定期的に行っています。

私の回答の様な基本は充分みられていると云う事すね

>これは私なりの想像ですが、保存したファイル情報をシステム側で記録したものが蓄積されて
>それがどんどんたまって一覧表示に時間がかかっているように感じます。

1.該当のフォルダーはひょっとしてネットワークドライブに設定していませんか？
→該当すればMSの高度な検索に該当する項目がありますが関係ないと思いますので参考まで

2.過去の溜まったデータをクリアにする意味で「セーフモード」のディスククリーンアップで一切のlogや捨てれそうな関係ファイルを捨ててみてはいかがでしょうか？
直接の改善には至らないまでも何がしかの改善につながるかと思います。

二つともあまり参考にならないかと思いますが済みません。

以上

表現や表記に失礼があるかもしれませんが誤字、脱字含めご容赦ください。

見当違いの回答であってもご容赦ください。

>ダウンロード専用のフォルダにファイルを保存していくうちにエクスプローラーの読み込みが遅くなりました。
…
>この読み込みが遅くなる現象を回避する方法はありませんか？

ハードディスクドライブ（HDD）のパフォーマンスが落ちている可能性があります。
パソコンの強制終了など覚えはありませんか？
HDDのメインテナンスの基本はchkdskとディスクデフラグです。
ともに、ハードディスクの指定のパーティションを隅から隅まで実行するので時間を要することとそれなりのストレスがあることは認識しておく必要があり、毎日実行するものではないことは認識しておいてください。
どちらかと言えば、デフラグですが暫くエラーチェックを実施していなければ実施してもよいかと存じます。
エラーチェックはファイルシステムなどに異常を感じた時や、やもえず強制終了をした時に1回だけ実行します。
通常は半年に1～2回で充分かと思います。
デフラグは分析で必要と判断されれば実行します。
また、地デジなど録画するなど比較的大きいデータを読み書きし、消去すると短期間にデフラグの分析結果が「必要」になりますがその場合は逆に割り切って1～3カ月に一度と決めてデフラグを行った方がHDDのストレスは少ないかと思います。

都合上ローカルディスク（C:）にそのフォルダーがあるものとして説明しますが（D:）であれば（D:）を実行します。

I.『エラーチェック（Windows上で行うchkdsk）』
【説明】
強制終了「電源SW長押し」などでファイルシステムやセクタに負荷をかけた場合には1回実施します。
フリーズ時の強制終了はその時使われているOSや開いているアプリとそのデータファイルなどファイルシステムやデータを痛め、場合によってはセクタをおかしくします。
特に、HDDのアクセスランプ点灯時の「強制終了」はヘッドで機械的にメディアに傷をつけセクタを痛める可能性があります。その場合は必ずCHKDSKで不良セクタを除去し、使わないようにします
HDDがアクセス中でなくともソフト的に痛めます。ファイルシステムの管理上と実際のセクタが異なるなど管理上の不一致が生じます。そのまま使用すると正常な領域もおかしくなる可能性があります。
【ファイルシステム、セクタの修回復】
周知ですたら済みませんが念のため詳しく書いておきます。
<マイコンピュータ>-<ローカルディスク（C:）>から右クリックし、プロパティで「ツール」タブの「エラー　チェック」で「チェックする」をクリック
ポップアップで
□ファイルシステムエラーを自動的に修復する。←チェックを入れる
□不良セクタをスキャンし、回復する。←チェックを入れる。不良セクタは機械的に壊れていれ除外されると思います。
二つにチェックをいれ、「開始」をクリックし、少しまって、（C:）なので起動時に実行するか聞いてくるので「はい」とする。
パソコン再起動する←20分～30分？１時間（HDD容量による）
↓↓
http://pctrouble.lessismore.cc/running/chkdsk_op …

II.『ディスクデフラグ（最適化）』
【説明】
ファイル断片化が進むと1つのファイルを読むのにヘッドが行ったり来たりを繰り返し時間がかかります。
それを効率的にするため、なるべくファイルを1か所に集約します。そのことでHDDのヘッドの無駄な行き来を最小限にします。
【ディスクデフラグ】
<マイコンピュータ>-<ローカルディスク（C:）>から右クリックし、「プロパティ」を選択して「ツール」タブの「最適化」で「最適化する」ボタンをクリック
または、「スタート」→「すべてのプログラム」→「アクセサリ」→「システムツール」→「ディスクデフラグ」を実行し、ローカルディスク（C:）を選択します。
[分析]ボタンで実行し必要があれば最適化を実行する。
↓↓
http://mbsupport.dip.jp/watson/de.htm

>またなぜこのような現象がおきるのか教えてください。

コマンドプロンプトやDOSではフォルダではなくディレクトリと呼ばれます。
どちらかといえばこちらの方が実態に合っているかと思います。
住所登録の様なものです。フォルダはHDD上の物理的にエントリーされるわけではなく物理的などこにデータが割り振られたかを記録するものです。
よって、どんなにフォルダー内をきれいにしても意味はありません。どこに割り振られるかはOS次第です。NTFSのファイルシステム次第です。
断片化ですが例えば、１GBのデータを保存する場合、HDD上に１GBの連続した領域が無ければ2分割3分割と区切ってデータを記録することになります。
データを書いたり、消去したり、上書きしたり、それらのすべての操作が断片化の要因になりえます。
数Byte程度のデータでもいくつか沢山保存すると大きいデータを書く場合の一定の領域を確保する場合の阻害要因になります。

よって、『こういうHDDがらみとおもわれるトラブルやパフォーマンス低下はHDD全体をメンテナンスします。』
それで改善されなければ、前後にインストールやUpdateしたプログラムやウィールスなど考慮することになるかと思います。

>ダウンロード専用のフォルダ名を変えてフォルダを新規作成してそのフォルダに元の名前をつけても効果ありませんでした。

III.ダウンロードが遅くなる理由はもう一つあります。空き容量が少ない場合です。10GByte以上あれば問題ありませんが本当の最悪でも5GB以上は確保します。
理由は、１GBbyteのダウンロードプログラムがあったとして、圧縮して送られてきます。それを解凍しセットアップする領域が必要です。単純計算でも１GBの保存領域、１GBの圧縮データ展開領域と２Gは必要です。
実際はもっと必要かと思われます。また、システムのページファイルや色々考えれば最悪の場合でも５GB、人によってまちまちですが個人的見解ですが出来れば『常に10GB以上』は欲しいと思います。

以上

Windows標準のエクスプローラを使っているなら

サムネイル表示はオフにして
●Windows XP でマイ コンピュータ内のファイルが表示されるまでに長い遅延が発生する
http://support.microsoft.com/kb/819017/ja
のように不具合を引き起こすトリガーになるデバイスの存在を疑います。