風雲急が過ぎて流石に困惑してる。何が起きてるんだ？
どうもお互いがツイ消ししてて正確な情報取れてないんで今自分の視点から見える情報だけでざっくり書きますね。なんか見落としあったら伝えてくれると助かります。

1.ぶち切れウォータードラゴン

発端はこれ。

水龍敬先生の動きとしてはあとこれ。

水龍敬先生って誰や？と言われると、商業同人問わず活動されている大ベテランの(センシティブ方面の)漫画家ですね。
だいぶ前からホロライブとの関係性は密接で、本人も3期生宝鐘マリンのファンを公言し同人誌も出したりしてました。

そんな人が唐突に投下したツイートとしては中々に重いですね。
鍵になるのは3点なので順に考察していきますが、まず前提として自分の意見としては「こちらからではわからないことが多すぎるから憶測を基に水龍敬先生やカバー株式会社を叩くのはやめろ」ですね。これだけは心に刻んでください。
まあ、もはや手遅れではありますが……。

2.ここ半年あまりでカバーの企画といえば

ホロライブ・オルタナティブですね。

元ツイが削除されているのですがホロライブオルタナティブ公式ホームページにあるCOMING SOONのTwitter Comicsの欄。

これですね。
絵柄のタッチ的にまあほぼほぼ水龍敬先生で確定と見ていいと思います。

3.再三にわたる企業としてあり得ない対応

一番の論点はこれ。ただぶっちゃけこれに関して言うことは「掌はセットしておいてとりあえず黙ってろ」以外に言うことはありません。

何故かっていうとその「再三にわたる企業としてあり得ない対応」というのを知る方法が外部に存在しないから。外野から見てこれを推測するところまでは許される部分ですが、その個人的な推測を基に何かしらの行動を起こすのはやめておくべきでしょう。

例えば、
ホロライブのファンAの推測「水龍敬先生がカバー株式会社に対して漫画を描く代わりに自分を社長にさせろと詰め寄った。カバー株式会社はそれを拒否した。水龍敬先生はそれを企業としてあり得ない対応とした」
これどう思いますか？多くの人はあり得ないだろう断じると思いますし自分もそう思います。
しかしこれを否定する材料もまたありません。なのでこの推測は成立します。他のどんな推測も同じです。あり得そうかあり得なさそうかに関わらず、どんな推測でも現状出ている情報との矛盾が出ない限りは成立します。
しかしこの推測が確定された事実であるという材料もまたありません。ですのでこの推測を基にどちらか側に寄り何かしらの行動を起こすことも許されません。他のどんな推測も同じです。あり得そうかあり得なさそうかに関わらず、どんな推測だろうとそれを基に何かしらの行動は起こさないべきでしょう。

長くなりましたがその上であえて自分の見識を言わせていただけるのであれば、
「「再三に渡り」というフレーズが、発する言葉としてあまりにも重すぎる」
「仮にカバー側に非が無かった場合漫画の告知ツイート消去し何のアナウンスも無いという行動があまりにも印象が悪すぎて水龍敬先生側の非しか無いという状況はまず無さそう」
「再三に渡りと言う割にはつい先日まではおくびにも出さず応援してるようなツイをしてて、こういうのって少しずつ距離を離していって話題にも出さなくなったところで出すもんじゃないのかという疑問がある」という感じですね。

4.金輪際関わりを持たない

ブチキレてらっしゃいますな。
この言葉自体には正直なところあまり意味はありません。ですが問題なのはその立場。

漫画家というのは横の繋がりが非常に強い業界であり、その中でもかなりのベテランである水龍敬先生が怒りを露にするこの状況。
今一番怖いのは「あの人がキレたなら俺も」と誰かしらが続くことです。

これはあくまでもカバー側の非が強い状況での話ですが、ホロライブ・オルタナティブにおいての一番最初の企画となるであろうTwitter漫画の担当クリエイターにこんだけ言われるような状況下において他の企画担当者は特に文句を言うようなことはされていないというのはちょっと考えづらいです。
また例えそうでなかったとしても、この水龍敬先生のぼかした発言によって「この人にここまでのこと言わせるってどういうことなんだ、とりあえず一旦関わるのはやめよう」という考えを持つ人が増えれば、それは外部クリエイターによって成り立つホロライブ・オルタナティブにとって大きな停滞をもたらすことに繋がります。

5.ボールはカバーに渡された

水龍敬先生から剛速球の火の玉ストレートがぶつけられたカバーは、このままだんまりを貫くのであればこの「仕事を依頼した自箱のクリエイターから「企業としてあり得ない」と三行半を突き付けられた」いう話を事実上肯定したことになります。
なので対応をもしするのであれば事実をさっさと公表して経緯説明をするべきですかね。この件放置していいこと何も無いです。もちろん出鱈目を並べて発表しようもんなら水龍敬先生から報復死球もらいかねませんが……。

てかホロライブ・オルタナティブ、マジでどうすんの？一番最初のコンテンツであるTwitter漫画が速攻でおじゃんになったけど次弾用意してあるん？

6.まとめ

東方、サクラ大戦、そしてこれ。
船長マジで泣いていいよこれ、不憫がすぎる……。