Pixls.us のディスカッションを見ていたら、 digiKam と darktable の間で、タグ設定等を更新しても、同期されないという質問を上げていた方がいました。
結局、darktable と digiKam の両方で設定を確認する必要があるようです。
darktable 側では、以下の拙稿にある設定を行ってください。
digiKam 側では、メニューの [設定] → [digiKam を設定] → [メタデータ] から以下のチェックボックスにチェックを付けてください。
これで digiKam と darktable の間で、タグやメタデータの更新が同期するようになるようです。