毛利探偵事務所に、目暮警部が依頼にやってくる。内容は、不倫している部下・沢渡刑事について調べてほしいというものだった。妻が実家に帰っている中、カップルが多く訪れるカフェで別の女性と食事したり、高級ジュエリーショップに行ったり、花束を買っていたり――状況証拠は不倫が確定しているかのようだ。「動かぬ証拠を突きつけて沢渡刑事を止めたい」と頭を下げる目暮警部に、コナンたちは協力することになるが……。

【期間限定 毎日１話配信】 コナン、小五郎、安室、そして“いろは寿司”の職人・脇田は、特急あずさで長野に向かっていた。今回の依頼人からの依頼内容は「旧友が長野の山奥の潰れた教会で首を吊って亡くなった。暗号を解読して真相を教えてほしい」というものだった。四人が到着した廃教会の礼拝堂には依頼人の同級生である五人の人物がおり……。

【期間限定 毎日１話配信】 コナン、蘭、小五郎、そして大阪からやってきた平次、和葉は博物館“鈴木ミュージアム”にやってくる。一方、博物館に展示されている宝石・世界最大級のコンクパール「妖精の唇（フェアリーリップ）」を盗むと予告した怪盗キッドは和葉に変装し、展示部屋に潜入。見事、宝石を盗み出す……？

【期間限定 毎日１話配信】 コナンたちは東京にやってきた平次、和葉とともに世界最大級のコンクパール「妖精の唇（フェアリーリップ）」が展示されている博物館にやってくる。怪盗キッドがこの宝石を狙っているらしい。鈴木次郎吉のキッドへの挑戦状には「その宝石は全方向から速やかに見ていただける準備をしています」と書かれており……。

【期間限定 毎日１話配信】 長野県警の竹田警部、鹿野警部補、秋山巡査部長が次々と殺害される事件が起きる。黒田捜査一課長は現場の状況から3人を殺害した容疑で大和警部を指名手配する。予告通りなら、犯人はあと2人の命を狙おうとしていた。コナンは手がかりを探すため、半年前の銀行立てこもり事件の話を由衣刑事から聞く。

【期間限定 毎日１話配信】 長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は長野県警の竹田警部が殺害される事件に遭遇。そして、自宅で首を吊った鹿野警部補も発見される。大和警部の携帯には鹿野から「我は毘沙門天 啄木鳥を滅ぼす 軍神なり」というメールが届いていた。大和は鹿野を床に降ろすが、すでに鹿野は絶命。鹿野の額にもXの印がつけられていた。

【期間限定 毎日１話配信】 長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は川中島古戦場跡を見学。そこに事件の聞き込みをしていた大和警部、上原刑事、諸伏警部が現れ、その直後に三枝警部、鹿野警部補、秋山巡査部長もやってくる。これから強盗犯の潜伏先に行くという三枝、鹿野、秋山。待ち合わせた班長の竹田警部が来ないらしく、3人は現場に踏み込む事に。

【期間限定 毎日１話配信】 コナンたちは奇妙な事件の写真を確認し、上原は12年前に聡子が行方不明になった日の写真に注目。大和警部は赤女事件の現場にいた元警察官から新事実を聞き出す。大和から新事実を聞いたコナンと世良は自分たちの推理が正しいと確信し、薄谷を殺害した犯人とトリックを暴くが…。その時、窓の外から赤女が再び現れて…。