お疲れ様です。コナンを語る学徒です。
「劇場版名探偵コナン １００万ドルの五稜郭」が公開されたということで、今回はアニメ名探偵コナンのストーリーに関わる重要回を、重要度を付けながら紹介していきます。
なお、今回は黒の組織との関わりを主軸に書いていきますが、恋愛の側面からも少しだけ書いていきます。

また、太字は重要中の重要回です。つまりトップレベルで重要な回です。

ジン・ウォッカ編

第１・２話「ジェットコースター殺人事件」、「社長令嬢誘拐事件」（重要度★★★）
記念すべき第一話です。なぜコナンが小さくなったのか、なぜコナンは小五郎の家に居候しているかが分かります。ジン・ウォッカの初登場回です。

第３話「アイドル密室殺人事件」（重要度★☆☆）
沖野ヨーコ初登場回です。

第１１話「ピアノソナタ『月光』殺人事件」（重要度★★☆）
コナンが推理をする上での信条(？)が形成される回です。普通に事件自体も面白く、人気も高いです。

第２７・２８話「小五郎の同窓会殺人事件」（重要度★☆☆）
蘭ねーちゃんとコナンが混浴します。

第３２話「コーヒーショップ殺人事件」（重要度★☆☆）
妃英理初登場回です。

第４３話「江戸川コナン誘拐事件」（重要度★★☆）
工藤優作と工藤有希子の初登場回です。ちょっとスリリングな回です。

第４８・４９話「外交官殺人事件」（重要度★★★）
服部平治の初登場回です。あと、コナンが新一に戻ったりもします。

第５４話「ゲーム会社殺人事件」（重要度★☆☆）
テキーラという関西弁出オチキャラが出ます。

第５７・５８話「ホームズ・フリーク殺人事件」（重要度★★☆）
服部平次がコナンの正体を暴きます。

第７６話「コナンVS怪盗キッド」（重要度★★☆）
コナンとキッドが初対決します。

第１１２話「帝丹小7不思議事件」（重要度★☆☆）
小林先生の初登場回です。

第１１８話「浪花の連続殺人事件」（重要度★★☆）
和葉の初登場回です。和葉が蘭に対して敵意をむき出しにします。
また、黒の組織に協力したという連続殺人犯が現れます。

第１２８話「黒の組織10億円強奪事件」（重要度★★★）
元々「奇妙な人捜し殺人事件」としてあったのをリメイクした回です。宮野明美の初登場回です。

第１２９話「黒の組織から来た女 大学教授殺人事件」（重要度★★★）
灰原哀の初登場回です。哀ちゃんが泣きます。

第１３０・１３１話「競技場無差別脅迫事件」（重要度★★☆）
灰原が意味深なことを言います。なにげに佐藤刑事の初登場回であったりもします。

第１４６・１４７話「本庁の刑事恋物語」（重要度★★☆）
ここから佐藤刑事と高木刑事の恋愛がはじまります。

第１５３・１５４話「園子のアブない夏物語」（重要度★★☆）
京極真の初登場回です。

第１６２話「空飛ぶ密室 工藤新一最初の事件」（重要度★★☆）
後のニューヨークの事件に繋がる意外に重要な事件です。

ベルモット編

第１７０・１７１話「暗闇の中の死角」（重要度★★★）
新出先生の初登場回です。ベルモット編はすでにここから始まっていました。

第１７６－１７８話「黒の組織との再会」（重要度★★★）
シェリーとジンが再開します。ピスコやベルモットも出る超超重要回です。

第１８８－１９３話「命がけの復活」（重要度★★★）
コナンが新一に戻ります。…と同時に様々なことの引き金を引くことにもなります。。

第２１９話「集められた名探偵! 工藤新一VS怪盗キッド」（重要度★★★）
MAXで重要な回です。理由は後々分かります。
独特な雰囲気もあり、私が最も好きな回でもあります。

第２２２－２２４話「そして人魚はいなくなった」（重要度★☆☆）
意味深なことが書かれたノートを見つけます。

第２２６・２２７話「バトルゲームの罠」（重要度★★☆）
ジョディ先生の初登場回です。

第２３０・２３１話「謎めいた乗客」（重要度★★★）
赤井秀一など様々なキャラが一堂に会します。

第２５８・２５９話「シカゴから来た男」（重要度★☆☆）
ジェイムズ・ブラックの初登場回です。

第２６３話「大阪ダブルミステリー 浪花剣士と太閤の城」（重要度★☆☆）
黒の組織との関わりがあった人物が登場。

第２６６－２６８話「バレンタインの真実」（重要度★☆☆）
ラストがちょっぴり甘酸っぱい。

第２７７・２７８話「英語教師VS西の名探偵」（重要度★★☆）
ベルモットが忍び寄ります。

第２７９・２８０話「迷宮のフーリガン」（重要度★☆☆）
灰原哀が肥後選手に。。。ちょっぴり暖かくなる回。

第２８４・２８５話「中華街 雨のデジャビュ」（重要度★☆☆）
蘭が気を失います。

第２８６－２８８話「工藤新一NYニューヨークの事件」（重要度★★★）
ベルモットと新一の関係性を知ることができる事件。

第２８９・２９０話「迷いの森の光彦」（重要度★☆☆）
なんかいろいろ考察されている回です。

第３０１・３０２話「悪意と聖者の行進」（重要度★★☆）
松田刑事が初登場？します。

第３０４話「揺れる警視庁 1200万人の人質」（重要度★★★）
安室透に通じる様々な刑事が登場します。佐藤刑事と高木刑事の恋も急接近！

第３０７・３０８話「残された声なき証言」（重要度★★☆）
黒の組織に通じる手がかりを入手。

第３０９－３１１話「黒の組織との接触」（重要度★★★）
コナンとジンが接触？します。非常にスリリングで面白い。

第３２９・３３０話「お金で買えない友情」（重要度★★☆）
宮野エレーナが会話の中で登場します。

第３３３・３３４話「似た者プリンセス」（重要度★☆☆）
ベルモットが忍び寄ります。その２。

第３３８・３３９話「4台のポルシェ」（重要度★☆☆）
ベルモットが忍び寄ります。その３。

第３４０・３４１話「トイレに隠した秘密」（重要度★★☆）
宮野エレーナの知られざる一面が見られる回です。

第３４３・３４４話「コンビニの落とし穴」（重要度★★☆）
ベルモットが忍び寄ります。その４。

第３４５話「黒の組織と真っ向勝負 満月の夜の二元ミステリー」（重要度★★★）
ベルモット編の最終局面です。めっちゃ面白いので、上記のベルモットが忍び寄る過程の話まで含めて見てください。
この話でコナンがある手がかりを入手することにより、次のキール編に続きます。

キール編

第３７１・３７２話「物言わぬ航路」（重要度★☆☆）
コナンが聞いた携帯電話のプッシュ音に聞き覚えが…

第３８５－３８７話「ストラディバリウスの不協和音」（重要度★★☆）
例のプッシュ音が判明します。

第３９４－３９６話「奇抜な屋敷の大冒険」（重要度★☆☆）
パンドラの箱なんだから。が出ます。

第４２１・４２２話「イチョウ色の初恋」（重要度★☆☆）
阿笠博士の恋愛。ストーリーに直接関与はしないがおすすめ。

第４２５話「ブラックインパクト! 組織の手が届く瞬間」（重要度★★★）
例の携帯電話のプッシュ音を聞いたコナンは、アナウンサーの水無玲奈がキールだということを知る…！
キール編が本格的に始まる。
コルン・キャンティの初登場回。

第４２９・４３０話「もう戻れない二人」（重要度★★★）
キール編に深く関与する本堂瑛祐の初登場回です。

第４４６・４４７話「封印された洋窓」（重要度★☆☆）
本堂瑛祐が怪しげな行動をします。

第４６２－４６５話「黒の組織の影」（重要度★★★）
本堂瑛祐と水無玲奈の関係性を探ります。

第４７９話「服部平次との3日間」（重要度★☆☆）
本郷瑛祐について探ります。

第４８４・４８５話「黒い写真の行方」（重要度★★★）
本堂瑛祐とその父親が写った写真について探ります。

第４９１ー５０４話「赤と黒のクラッシュ」（重要度★★★）
キール編の最終局面であり、遂に組織とFBIが対決します。
今までの伏線回収とこれからの展開を作り出す最重要回です。
全１５話と非常に長いですが、この回を見ないとその先に進めない上に、展開が分からなくなるので、時間がない方は是非ここで紹介してある太字の回だけでも見てもらいたいです。
しかも非常に面白い！

第５０７－５０８話「カラオケボックスの死角」（重要度★★☆）
キール編のエピローグ。

バーボン編

第５０９－５１１話「赤白黄色と探偵団」～「推理対決! 新一VS沖矢昴」（重要度★★★）
沖矢昴の初登場回。

第５１６・５１７話「風林火山」（重要度★★☆）
大和警部の初登場回。

第５４２・５４３話「魚が消える一角岩」（重要度★☆☆）
沖矢昴の正体を探る。

第５５８－５６１話「死亡の館、赤い壁」（重要度★★☆）
諸伏警部の初登場回。

第５６３・５６４話「探偵団VS強盗団」（重要度★★★）
赤井秀一？がジョディの前に現れる。

第５６８・５６９話「白鳥警部、桜の思い出」（重要度★☆☆）
白鳥警部の恋愛模様が描かれます。

第５７８－５８１話「危機呼ぶ赤い前兆」～「赤く揺れる照準」（重要度★★★）
組織がコナン達に迫ります。

第６１６ー６２１話「ホームズの黙示録」（重要度★★★）
組織とは直接関係ないですが、新一と蘭の恋愛模様が描かれます。なお、この恋が進展するのは３１２話後です。

第６４６・６４７話「幽霊ホテルの推理対決」（重要度★★★）
世良真純の初登場回です。

第６４８－６５０話「探偵事務所籠城事件」（重要度★☆☆）
世良が活躍。

第６６７・６６８話「ウェディングイブ」（重要度★★★）
安室透の初登場回。

第６７１－６７４話「探偵たちの夜想曲」（重要度★★★）
安室透、世良真純、沖矢昴の三人が会します。

第６７５・６７６話「1ミリも許さない」（重要度★☆☆）
灰原の追憶に意味ありげ？

第６８１－６８３話「命を賭けた恋愛中継」（重要度★★☆）
高木と佐藤の恋愛についに決着か！？
伊達刑事が初登場。安室の秘密も…？

第６９０・６９１話「工藤優作の未解決事件」（重要度★☆☆）
世良と沖矢昴が活躍。

第６９９・７００話「灰原の秘密に迫る影」（重要度★★★）
灰原の秘密に迫る…！

第７０１－７０４話「漆黒のミステリートレイン」（重要度★★★）
遂にバーボンの正体が明らかに！

第７０５・７０６話「密室にいるコナン・謎解きするバーボン」（重要度★★☆）
コナンがけがをします。

第７２２・７２３話「甘く冷たい宅配便」（重要度★☆☆）
安室と沖矢昴が登場。

第７３１・７３２話「現場の隣人は元カレ」（重要度★★★）
太閤名人の初登場回。

第７３４話「ジョディの追憶とお花見の罠」（重要度★★☆）
探りを入れる奴ら。

第７３８・７３９話「小五郎はBARにいる」（重要度★☆☆）
探りにコナンはどう対処する？

第７４０・７４１話「蘭も倒れたバスルーム」（重要度★☆☆）
世良が誰かと連絡を取っている…？

第７５４－７５６話「赤い女の惨劇」（重要度★★☆）
またも世良が誰かと連絡を…？領域外の妹初登場。

第７５９・７６０話「意外な結果の恋愛小説」（重要度★★★）
領域外の妹が登場。

第７７０・７７１話「ギスギスしたお茶会」（重要度★★☆）
エレーナとバーボンが…？

第７７９－７８３話「緋色の序章 ～ 緋色の真相」（重要度★★★）
バーボン編最終章。壮大な伏線回収と、沖矢昴の正体が！
そして、ラム編が始まる…

ラム編

第７８５・７８６話「太閤恋する名人戦」（重要度★★☆）
太閤名人と世良との関係性は…？

第７９２・７９３話「三人の第一発見者」（重要度★★★）
ラムの手がかりが分かる。

第８１０－８１２話「県警の黒い闇」（重要度★★★）
黒田兵衛の初登場回。

第８２７・８２８話「死ぬほど美味いラーメン２」（重要度★★☆）
領域外の妹＝メアリー？

第８３６・８３７話「仲の悪いガールズバンド」（重要度★★★）
スコッチ初登場。

第８４３・８４４話「探偵団はヤブの中」（重要度★★☆）
灰原とメアリーの顔が似ている…？

第８４９・８５０話「婚姻届けのパスワード」（重要度★☆☆）
太閤名人が目指す7個とは。

第８５３・８５４話「サクラ組の思い出」（重要度★☆☆）
新一と蘭の幼い頃が明らかに。

第８６１・８６２話「１７年前と同じ現場」（重要度★★★）
後に繋がる伏線となるので要チェック。

第８６３・８６４話「霊魂探偵殺害事件」（重要度★☆☆）
メアリーが登場。

第８６６・８６７話「裏切りのステージ」（重要度★★☆）
ＡＳＡＣＡとは…？

第８７８・８７９話「試着室の死角」（重要度★★☆）
コナンは何を思い出す…？

第８８１・８８２話「さざ波の魔法使い」（重要度★★★）
遂に世良と太閤名人、メアリーの関係が明らかに！

第８８９・８９０話「新任教師の骸骨事件」（重要度★★★）
若狭留美の初登場回。

第８９４・８９５話「となりの江戸前推理ショー」（重要度★★★）
脇田兼則の初登場回。

第８９６・８９７話「白い手の女」（重要度★☆☆）
若狭との事件。

第９０９・９１０話「燃えるテントの怪」（重要度★☆☆）
黒田との事件。

第９１６・９１７話「恋と推理の剣道大会」（重要度★☆☆）
沖田とかいう新一にそっくりな人が登場。

第９２５・９２６話「心のこもったストラップ」（重要度★☆☆）
修学旅行につながる？事件？

第９２７・９２８話「紅の修学旅行」（重要度★★★）
蘭の気持ちは…？

第９４１・９４２話「マリアちゃんさがせ!」（を重要度★★★）
なんとあの方の正体が判明してしまいます。

第９５２－９５４話「迷宮カクテル」（重要度★★★）
安室が関わる事件。安室との因縁も明らかに？

第９８３・９８４話「キッドVS高明 狙われた唇」（重要度★★☆）
スコッチは誰なのか…

第１００３－１００５話「36マスの完全犯罪」（重要度★★☆）
脇田との事件。

第１０１１・１０１２話「山菜狩りとクローバー」（重要度★☆☆）
若狭との事件。

１０１８－１０２０話「骨董盆は隠せない」（重要度★★☆）
領域外の妹の意味が明らかに！

第１０２４・１０２５話「大岡紅葉の挑戦状」（重要度★★☆）
伏線提示？

第１０３３－１０３５話「太閤名人の将棋盤」（重要度★☆☆）
太閤名人が頑張ります。

第１０４５・１０４６話「天罰くだる誕生パーティー」（重要度★★☆）
メアリーの秘密が明らかに！

第１０５３・１０５４話「牧場に墜ちた火種」（重要度★☆☆）
若狭との事件。

第１０５９・１０６０話「沖野ヨーコと屋根裏の密室」（重要度★★☆）
脇田が関与。

第１０７１・１０７２話「工藤優作の推理ショー」（重要度★★☆）
黒の組織が関与。

第１０７７－１０７９話「黒ずくめの謀略」（重要度★★★）
遂にラムの正体が明らかに！

終わりに

いかがでしたか？必見回をまとめたはずなのに、すごく多くなってしまいました…
時間のない方は、太字の回だけでも、ある程度は追えます。
では、素敵なコナンライフを！