米花町の古民家に波賀昭人、波賀あかり夫婦が引っ越してくる。夫婦と意気投合したコナンたち少年探偵団は、家のDIYを手伝うことに。しかし、夫婦は脆くなっていた壁に穴を空けてしまい、そこから白骨遺体が出てきて……!? 昭人が勝手に購入した家が事故物件だったことで、夫婦は険悪なムードになってしまう。コナンたちは二人のため、事件の捜査を始めるが……。夫婦が購入した憧れの古民家には、どんな曰くがあるのか?