石川県で３年前の未解決盗難事件と、それを匂わせる差出人不明の脅迫状について調査する小五郎。調査中に突如コナンが誘拐され、犯人からの要求で依頼人・有原夢乃と昔のバンドメンバーを集めるべく奔走する。一方、コナンは誘拐犯・稲見竜星に誘拐の真意を聞き、過去事件の証拠映像も見せられる。しかし、何者かに追われたコナンと竜星が慌てて逃げ出したのも束の間、車のブレーキが壊されており、ガケから転落してしまう……。

【期間限定 毎日１話配信】 蘭が計画した父・小五郎と別居中の母・英理と家族そろっての夏のバカンスは散々なことになってしまった。小五郎と英理は険悪なムードだし、海で溺れたダイビングサークルの女子大生は、ウミヘビに咬まれて意識不明の重体のままだ。計画的な殺人だと見抜いたコナンは、被害者の貴和子の仲間4人の中に犯人がいるとにらむ。

【期間限定 毎日１話配信】 蘭は父・小五郎と別居中の母・英理を別々に伊豆のホテルに誘い、久々に家族そろっての夏のバカンスを計画した。計画通りに進んで大喜びの蘭だが、知らずに鉢合わせした小五郎と英理は大あわて。さっそく、夫婦ゲンカを始めてしまう。そんな時、小五郎が知り合ったダイビングサークルの女子大生が海で溺れ、仲間が救助する。

【期間限定 毎日１話配信】 時計職人・出淵紋時郎が住んでいたという洋館は、やはり妙な家だった。1時10分に鳩時計から3匹の鬼が飛び出して鳴き始める。屋根裏部屋で人の気配がしたり、書斎にファイルしてあった犯罪記事も気にかかる。コナンも小五郎も謎の意味がつかみきれないでいると、蘭が家の中にライオンだけが飾られてないことに気づく。

【期間限定 毎日１話配信】 小五郎はミステリー作家の中村操という人物から、死んだ祖父から譲り受けた洋館で不思議な出来事が続いているという手紙を受け取り洋館を訪れた。有名な時計職人・出淵紋時郎の家だったという洋館の内部は、動物の絵や飾りのついた食器と家具、様々な時計が所狭しと並べられていた。

【期間限定 毎日１話配信】 小五郎の大学の柔道部の同窓会で柔道部のマドンナだった堀田由美が死んだ。旅館の自室で頭を銃で撃ち抜いていたのだが、数々の証拠から自殺に見せかけた他殺とわかった。犯人は同窓会に集まった小五郎の親友の四人の内の誰か。だが、この時間は全員が卓球をしていたというアリバイがある。小五郎のつらい謎ときが始まる。

【期間限定 毎日１話配信】 小五郎の大学の柔道部の同窓会が開かれることになった。昔のアルバムを眺め、思い出話に花が咲く。中道が皆を卓球に誘うと、かつて恋人だった由美は疲れたから休むと言って部屋に戻ってしまう。由美を除いた全員で卓球を楽しんだ後、一同は花火大会に。しかし部屋に戻ってみると、側頭部を銃で撃ち抜かれた由美の姿が。

【期間限定 毎日１話配信】 夜な夜な甲冑の騎士が歩き回るというウワサの美術館。興味津々の蘭は、コナンと小五郎を連れ見学に行く。 だが最後の「地獄の間」でコナンたちが見たのは、ホテルに転業するため美術館を閉館すると決めた新オーナー・真中が、「天罰」と題された絵画の後ろで、絵と同じように喉を剣で串刺しにされて絶命している姿だった。

せっかくのバカンスだというのに、殺人事件に遭遇するわ、旅館で襲われるわで、園子は散々な目にあった。道脇に誘われて呪いのレストランに出かけた園子にまたしても危険が迫る。駐車中の道脇の車が、眠っている園子を乗せたまま動き出したのだ。車が崖下に転落する間際に、蘭が窓ガラスを蹴破り園子を救出するが…。

蘭とコナンを誘って伊豆の海岸にやってきた園子の目的は、言わずと知れた男探し。今回はわざと古びた旅館に泊まって、お嬢様のイメージを払拭しようと涙ぐましい努力を重ねる。そんな園子にキザな大学生・道脇が言い寄ってきた。道脇は園子たちをレストランに誘い、1年前の女性刺殺事件を話して聞かせる。

コナンのクラスに灰原哀という名の奇妙な少女が転校してきた。クールな態度で歩美たちをあしらう哀だが、コナンだけには興味を示す。少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出し、事件を解決する。その復路、哀を家まで送る途中でコナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。

誘拐されたTWO－MIXを救出するため、歩美になりすまして犯人に新曲のデモテープを届ける役目を買って出たコナン。だが、コナンに手柄を独り占めされたくない元太たちは目暮警部にコナンの行方をたどる追跡メガネを渡さなかった。自分たちだけで事件を解決しようと、TWO－MIXが監禁されている倉庫までたどりつくのだが…。

武道館でのコンサートの開幕直前に、人気デュオ・TWO－MIXの二人が誘拐された。事件を目撃したコナンと少年探偵団の子供たちは、犯人から連絡役に指名され、大はりきりで事件解決を目指すが……。コナンの声を担当する高山みなみが参加し、ヒットチャートをにぎわせているTWO－MIXが劇中に登場。

服部に飲まされた中国酒のせいで気分が悪くなったコナンは、外交官・辻村勲の殺害現場で倒れてしまう。辻村を毒殺したトリックを暴いた服部は、辻村の父・利光を犯人だと決めつける。そこへ、突然、新一が現れ、服部の推理の間違いを指摘する。新一は、真犯人を突き止め、辻村夫婦の過去を掘り起こす。

新一に会うために、蘭のところへ“西の高校生探偵・服部平次”と名乗る少年が押しかけてきた。風邪気味のコナンは服部に飲まされた中国酒でフラフラになる。蘭が服部をにらみつけているところへ小五郎の依頼人が訪れる。小五郎と蘭、コナン、服部の四人で依頼人の外交官宅へ出向くと、外交官は何者かに毒殺されていた。

蘭が新一とデートだと言って、うれしそうに出かけて行った。「新一はオレなのに」とコナンは気が気でない。不安になったコナンは無理やり待ち合わせの喫茶店までついていく。客の観察をしているその時、トイレから男の絶叫が響きわたった。トイレの個室の中で心臓をナイフで一突きされた女性が血まみれで倒れていた。

今日は新一と蘭の中学の恩師・松本小百合先生の結婚式。式の時間が迫り、小百合は控室に一人で残った。妙な物音がして、コナンたちが控室に戻ってみると、純白のウェディングドレスに身を包んだ小百合が苛性ソーダの混入されたレモンティーを飲み吐血して倒れていた。容疑者は新婦の控室に出入りしたものに絞られる･･･。

天下一春祭りの夜、ホテルの居室で人気作家・今竹智が殺害された。友人の笹井の犯行ではないかと疑われたが、笹井は祭りの会場にいたと主張し、証拠に蘭がシャッターを押したインスタントカメラを差し出した。完壁なアリバイに笹井は自信満々だが、コナンは笹井が犯人だと確信し、笹井のアリバイを崩す糸口を探し始める。

蘭がバレンタインパーティーに招かれた。主催者の医大生・克彦に夢中な同級生の園子にむりやり付き合わされたらしいが、コナンは気が気ではない。テニス仲間が集まるパーティーで、仲間の一人・好美が贈ったチョコレートを食べた克彦が、苦しみ出し死亡する。駆けつけた目暮警部と小五郎は、好美が犯人だとにらむが…。

毛利小五郎の事務所に、アイドル・沖野ヨーコが訪ねてきた。何者かに後をつけられたり、部屋に侵入されているというのだ。調査のためコナンたちがヨーコの部屋に入ると、そこには男の刺殺死体があった…。コナンは小五郎を気絶させ、阿笠博士が発明した蝶ネクタイ型変声機を使って小五郎の声で事件の謎解きを始める。

数々の難事件を解決する高校生探偵・工藤新一は、ガールフレンドの毛利蘭と遊園地でデート中、ジェットコースターで殺人事件にまき込まれた。 ズバ抜けた推理力で事件を解決したが乗客の中にいた怪しげな黒服の男たちが現金受け渡しする犯罪現場に遭遇。現場の証拠を押さえようとするが背後から襲われ気を失ってしまい･･･。