バリア系特殊能力

ENを使用して敵の攻撃を防ぐ。条件を満たせば勝手に発動するため、所持ユニットのENの減りが早いのがデメリット。属性は「ビーム」「グラビティ」「それ以外」の３つがあり、下記の表で「全属性」と書かれたものは、全ての攻撃に対して有効ということである。

ダメージの「軽減」と「無効」は似ているようだが、若干違う。軽減はその名のとおり指定されたダメージ量を減らす。無効は指定されたダメージ量以内ならば0ダメージだが、それを超えると全てのダメージが突き抜ける。例えば1500のダメージを食らうとしよう。こちらに1000軽減の能力が付いていた場合、食らうダメージは500になる。これが1000無効の能力だった場合は、1500全てのダメージを食らってしまう。 なお、1000軽減の能力に対し、1000以内のダメージを食らった場合は、無効と同じく0ダメージになる。

どちらかというと軽減の能力のほうが優秀であるが、無効の能力はその指定されたダメージが大きく、ほとんどのダメージを無効化できることが多い。

回避系特殊能力

必要気力を満たせば、敵の攻撃を一定の確率で完全回避してくれるもの。「ひらめき」が発動すると思えばいい。それぞれ名称は違うが、効果は同じ。ただし、ボソンジャンプのみ地形コストを払わずに移動できるという能力が付随している。

気力が130と序盤ではなかなか発動させづらいが、ひとたび発動してしまえばかなり有利になる。敵の命中が100パーセントでも、この能力のおかげで回避してくれることも多い。技量が高ければ高いほど発動する確率が高くなる。

発動確率
味方の場合：（防御側パイロット技能－攻撃側パイロット技能＋10）パーセント
敵の場合：（防御側パイロット技能－攻撃側パイロット技能＋5）パーセント

上昇系特殊能力

必要気力を満たすと、ユニットの能力が上がるもの。気力が満ちるとカットインが入るのでわかりやすい。ラムダドライバは気力に応じて、ダメージ量が上昇していく。カッコ内はストーリーが進行して、ラムダ・ドライバが強化されたときのもの。

回復系特殊能力

自分のフェイズにHPやENが回復する能力。敵のボスがなかなか倒せないのはこの能力の影響が大きい。自分のユニットに強化パーツでつければ非常に有利になる（特にEN系）。ザ・パワーなど反則的なまでに強力な能力は、シナリオ限定の能力のため常に使い続けることはできない。

そのほかの特殊能力

そのほかの能力です。自分でコマンドを選んで使用するものが多い。