アナザーコードはいわゆる2周目プレイが存在する。エンディング後に表示されるバースデーケーキの蝋燭の炎を消すと(DSのマイクに息を吹きかける)、データのセーブ画面になる。そこでデータをセーブし、次回そのデータをロードすればいい。2周目の証としてセーブデータには☆マークが付く。
2周目以降の変化については以下を参照
■ ゾーイトロープの絵柄が変化
第5章で登場するゾーイトロープの絵柄が1周目と2周目以降で変化。1周目では鳥の絵だが、2周目以降はそこに忍者が描かれる。謎掛け自体は変化しないので、1周目と答えは変わらない。ちなみに忍者の時は、ディーのコメントが若干追加される。
■ 青色のDASカードのデータが変化
1周目では青色のDASカード(DASカード901~908)で、リチャードの生活を記した「Richard's Memo」を読むことができる。2周目以降は「Richard's Report」としてエドワード家に関連するレポートを読むことができる。
リチャードメモは1周目でしか読めないので、できるだけとり逃さないようにしたい。
■ 真のエンディング
2周目以降、ディーの真相イベントを全てこなしてからクリアするとエンディング後に1通の郵便が届く。これがいわゆる真のエンディングといわれるもの。
なお、2周目以降の変化はない。3周目も4周目も全て2周目と変わらない。セーブデータの☆マークもクリアごとに増えるとかそーいうのはない。