エストアの村にたどり着いた主人公たちだったが、アイオスは学問都市に行ったきり行方不明だという。手がかりを失った主人公たちは、かつてメルクを主人公の父に売ったという商人を尋ねて、商業都市へと向かった。そしてメルクはある若者から商人に渡されたことと霧降の地という場所で発見されたことを知るのだった。

ラーテルと大会の会場で落ち合うことを約束して別れた一行は、センオンの地に到着した。そこで領主の娘・ユイリアからモンスター恐怖症を克服したいと相談を持ちかけられ、主人公たちはセンオンの特産品・紅温石とその地に眠るマグナガルダにまつわる事件に関わることに。騒動は一件落着したかに思えたが、主人公の心には少し翳りが見え始めていた。

大会で調査隊に選ばれた主人公たちは合流したヒイロと共に、霧降の地へと足を踏み入れる。そこで見つけたものは謎の地下遺跡となにかの荷物を背負ったエリアスの姿だった。しかし、エリアスから答えを聞き出すことはできず、さらに巨大なモンスターに襲われることに。霧の原因でもあったそのモンスター・ミストロールはどうやら遺跡を守っているようだった。

再びエリアスに逃げられてしまった主人公たちは、遺跡に手がかりを求めて霧降の地に戻ることに。その手段として学問都市のモンスター便を用いることにしたものの、学問都市では人間を親と思い込んだ子どもドラゴンをめぐって悲しい争いが起きようとしていた。さらにアレッツと名乗る謎の男から、モンスターはどこからか伝えられる激情によって人間を襲っているのだと聞かされることになる。

霧降の遺跡からエンデの地へとエリアスを追った一行は、古の皇帝が癒術の原型・心術でモンスターを操ろうとして失敗したためにモンスターは人間を襲うようになったこと、皇帝の息子だったエリアスの目的はモンスターの始祖・フェニシャルルを癒すことであったと知る。そしてメルクは己がエリアスの姉・カラコリチアとフェニシャルルの心が合わさった存在だと気づき、主人公と共にフェニシャルルを癒す。