厚生労働省より回答が来ました。（年末に来ましたが、公表が遅れました。）
【回答】
①当該事案は国庫補助金に係る事で、国への納入も検討されていると伺っていますので事実確認がしたいです。これが事実かどうか、確認して頂けますか。
→今年の８月の覚書自体は承知している。
②令和６年の覚書との事ですが、時系列で納入までの経緯が正確に知りたいです。（委託契約満了後に何故覚書を締結したのか等）
→詳細の経緯は東京都に直接聞いてほしい。
覚書を締結したというのは初めて聞いた。他自治体では聞いた事が無い。
５０万円以上のものについては補助金適正化法上で取り決めが必要だが、それ以下に関する取り決めは聞いた事がない。（５０万円以上の場合、交付要綱によると、処分制限期間等がある。）
③他団体も同様に覚書の締結による納入があるのでしょうか。こちらも②同様経緯と、都への納入があった団体名、金額が正確に知りたいです。
→他団体も同様の覚書を締結したと承知している。詳細は実施主体の東京都に聞いてほしい。
④覚書締結の経緯はこれまで都から厚労省へ報告がなかったという事でしょうか。
→覚書締結後に都から厚労省に対して報告を受けた。
※エアコンとパソコン問題について
→詳細の理由は誤りがあったようだが、結論としては誤記だったと聞いている。何らかの間違いで令和３年度にエアコンと書いてしまった、と東京都から聞いている。
という事で、明日東京都子ども子育て支援部 育成支援事業調整担当課へ質問してみようと思います。