厚生労働省よりお電話で回答がありました。
▼回答（お電話の回答だったのでまとめています）
前提／東京都へのcolaboからの納入は、東京都とcolaboの委託契約で取決めがされていた適正なものであると聞いている。
取決め内容／委託契約期間満了後、１０万円以上の物品について未償却残高があるものは、当該物品を都へ引き渡すか、都に未償却分を納入する事となっている。
①東京都から国への説明、及び国への補助金返還はあったのか。
→colaboから東京都に対し、令和元年度から令和四年度までの備品の経費に係る未償却残高の納入があった。
若年被害女性等支援事業は、令和２年度までは全額、令和３年度からは半分国が負担しているため、このcolaboから東京都への納入に応じて国に対して国庫補助金の納入の手続を進めていると承知している。
②①事実であれば、納入、返還に至った経緯
→前提、取決め内容のとおり。
Colaboは令和２年度にエアコンを購入していて、令和３年度はパソコンを購入している。
都への住民監査請求でも既に指摘されているが令和３年度の実績報告書において、令和２年度の実績報告書をコピペで使用したため、令和2年度のエアコン購入費を消し忘れて提出されていた。これをパソコン、及び金額もパソコン購入費に修正されたものと承知している。
③同様に、東京都の若年被害女性等支援事業で差額分の返還があったものが他にあれば理由も含めて詳細を教えてください。
→若年被害女性等支援事業は令和４年度まで委託契約でやっているため、各団体の１０万円以上の物品に関する未償却残高については、東京都独自の取決めにおいてそれぞれ納入されており、いずれも国庫補助金の納入を都が現在検討している状態と承知している。
④①のように数年前の補助金が返還となることについて、補助金適正化法や当該事業の要綱等に抵触することはありませんか。
→不適切な経費ではなく、東京都の取決めにおいて納入されており、適正な処理である。
１０万円以上の物品の未償却残高を納入する等の取決めは東京都独自の取決めであり、国からの要綱には定めがない。
なお、令和５年度からは補助事業となっているため、厚労省の要綱等※において、直接補助の場合５０万円以上、間接補助の場合３０万円以上の物品は同様に未償却残高が発生する可能性がある。
東京都の取決め（根拠規定）は厚労省で把握していない。
※要綱（交付要綱）は後ほど頂く事になりました。