世間を騒がすホテル連続爆破事件で使われた暗号を入手した世良真純に誘われ、杯戸ホテルを訪れたコナン。その誘いには世良とその母「領域外の妹」赤井メアリーのある狙いがあった。しかし、新しい爆破予告の現場に遭遇したことで、爆弾魔の次の狙いがこのホテルであると知ったコナンと世良。偶然居合わせたホテルの顧問弁護士である小五郎の妻・妃英理と共に、爆弾が仕掛けられた部屋と爆弾犯を突き止めるため暗号解読に乗り出す！