総説論文「機能未知遺伝子の機能を推測するバイオインフォマティクス： AlphaFoldから遺伝子誕生学へ」が出版になりました。
日本微生物生態学会誌，37，3-13．(2022)
jstage.jst.go.jp/article/jsmeja
iwasakiw
iwasakiw
1,811 posts
iwasakiw’s posts
論文「機械学習によるバクテリア代謝システムの進化予測」を出版しました！
Naoki Konno and Wataru Iwasaki.
Machine learning enables prediction of metabolic system evolution in bacteria.
Science Advances, 9, eadc9130. (2023)
論文「祖先状態復元と可視化のための高速最尤法」が出版になりました。
doi.org/10.1093/molbev
進化情報学において「祖先状態復元」は生物進化のプロセスを知るための重要な手段です。その具体的な手法としては周辺事後確率を推定するものと同時確率を推定するものがありますが、
日本の研究力低下に関するNature誌の記事にインタビューコメントが掲載されました。かなり話題になり、先週の衆議院予算委員会の審議でも取り上げられました。内容は「科学技術指標2023」に基づくもので、文科省の分析結果です。
nature.com/articles/d4158
では、いま何が必要か？ということですが、
明日9/28(金)の夜10時から、NHK Eテレで『人間ってナンだ？超ゲノム入門』が放映されます。私たち生命の根本であるゲノムについて、生物学で扱う感じとは違う「情報」という切り口を感じてもらえたら、と思っています。ご興味がありましたら、ご覧ください。
www2.nhk.or.jp/hensei/program
このたび、文部科学大臣表彰を受賞させていただくことになりました。日頃さまざまな形で支えたり刺激を与えたりしてくださっているみなさまに、改めて感謝いたします。
s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/6353/
私の中では、平成最後の同賞というところに、形容は難しいですが「思い」を感じています。
論文「Evolutionary paths toward multi-level convergence of lactic acid bacteria in fructose-rich environments」が出版になりました。
Konno, Maeno, Tanizawa, Arita, Endo, and Iwasaki.
Communications Biology (2024)
実験医学増刊『セントラルドグマの新常識』に、新たな遺伝子が前身となる遺伝子の存在なしに生じる「de novo遺伝子誕生」に関する総説を執筆しました。ぜひお読みください！
山内駿，岩崎渉．
de novo遺伝子誕生学〜「遺伝子とは何か？」を改めて問う鍵として
実験医学，40，1835-1841（2022）
Quote
羊土社 実験医学
@Yodosha_EM
【新刊】本日、実験医学増刊『セントラルドグマの新常識』が発行しました！ 生命科学を勉強したからこそびっくりする，細胞生物学の予想外の発見を32編の総説に凝縮しました．すべての生命科学者に読んでほしい1冊です！
yodosha.co.jp/jikkenigaku/bo
論文「バクテリアはrRNAオペロンを数億年にわたってプラスミド上のみで維持できる」が出版になりました。 Anda, Yamanouchi, Cosentino, Sakamoto, Ohkuma, Takashima, Toyoda, and Iwasaki. Nature Communicaions, 14, 7232. (2023)
iwasakilab.k.u-tokyo.ac.jp/iwasaki/public
岩崎研博士課程２年の今野直輝さんが「日本学術振興会育志賞」を、また、修士課程２年の西野聡さんが「最優秀修士論文賞」を、それぞれ受賞しました。
iwasakilab.k.u-tokyo.ac.jp/iwasaki/presen
本日、一般社団法人環境DNA学会の技術標準化委員会による「環境DNA調査・実験マニュアル」が公開になりました。ednasociety.org/archives/1317
環境DNA調査・実験手法の統一や、技術の発展に向けて、全105ページに渡って写真や参考文献等を交えつつ詳細に解説しています。
若手アカデミーによる「2040年の科学・学術と社会を見据えていま取り組むべき10の課題」が発出されました！
scj.go.jp/ja/info/kohyo/
日本の科学と社会をとりまく環境をより良いものにしていくために、分野横断的かつ多角的な議論をとりまとめた他にない資料として、幅広く活用いただければ幸いです。
研究業績の通し番号が100を超えました。多くの方のご指導・ご協力に改めて感謝いたします。
iwasakilab.k.u-tokyo.ac.jp/iwasaki/public
全体の流れを振り返ってみて、論文を書くのはもちろんずっと難しいですが、感覚が少し変わってきていることを感じます。
Google Scholarでの引用件数が4000件を超えていました。日本からそれなりに影響力のある研究を展開できたかな、と感じています。
まだこれからですが、一つの区切りとして。
見解「2040年の科学・学術と社会を見据えていま取り組むべき10の課題」を、日刊工業新聞に取り上げていただきました。
多くの方に、現場の研究者が分野を越えて日本の課題を公式にまとめた文書があることを知っていただければと思っています。
scj.go.jp/ja/info/kohyo/
論文「新たな系統の巨大ウイルスがロドプシン光利用システムを捕食性海洋単細胞生物にもたらす」が出版になりました。
Needham, Yoshizawa, Hosaka et al.
A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators.
PNAS (2019)
doi.org/10.1073/pnas.1
論文「胎盤の進化と共起したLTRレトロエレメント由来遺伝子NYNRINの誕生」が出版になりました！
Plianchaisuk, Kusama, Kato, Sriswasdi, Tamura, and Iwasaki., Molecular Biology and Evolution (2022)
日本の科学技術政策の枠組みを定める「第6期科学技術基本計画」に向けて、日本学術会議 科学者委員会・学術体制分科会では、このたび提言をまとめました。以下から公開されていますので、幅広い方にご一読いただければと思っています。
scj.go.jp/ja/info/kohyo/
秋田県立秋田高校２年生の池本雄途さんが、発酵食品の微生物叢のバイオインフォマティクス研究の全国研究発表会で優秀賞を受賞しました！
東京大学では、全国の高校生を研究室で受け入れる「東京大学グローバルサイエンスキャンパス」を実施しています。
論文「SonicParanoid2: fast, accurate, and comprehensive orthology inference with machine learning and language models」が出版になりました。
Cosentino, Sriswasdi, and Iwasaki.
Genome Biology (2024)
日本微生物生態学会誌に執筆させていただいた総説論文「機能未知遺伝子の機能を推測するバイオインフォマティクス： AlphaFoldから遺伝子誕生学へ」、先月も月間アクセス数ランキングで1位となったとのことです！読んでいただいたみなさま、ありがとうございます。
文部科学省 科学技術・学術審議会 人材委員会の委員を引き受けさせていただくことになりました。
mext.go.jp/b_menu/shingi/
初回の会議では、先日の衆議院予算委員会での萩生田文部科学大臣答弁で運営費交付金の増額という言葉があったことを指摘・紹介させていただきました。
論文「メタゲノムアセンブルゲノムからの予想外のリボソームタンパク質遺伝子の欠失」を出版しました！
Kazumori Mise and Wataru Iwasaki.
Unexpected absence of ribosomal protein genes from metagenome-assembled genomes.
ISME Communications, 2, 118. (2022)
論文「dwctaxon：Darwin Core標準に準拠した生物分類データの編集・検証機能を提供するRパッケージ」が出版になりました。
Joel H. Nitta and Wataru Iwasaki.
Journal of Open Source Software, 9, 6215. (2024)
iwasakilab.k.u-tokyo.ac.jp/iwasaki/public
Replying to
分野横断的に３年間議論してまとめた若手研究者の声は見解「2040年の科学・学術と社会を見据えていま取り組むべき10の課題」として発出しました（上の記事からも引用されています）。
scj.go.jp/ja/info/kohyo/
セクターを超えて、日本からイノベーションが起こる環境を整えていくことを呼びかけます。
福永さんの論文「Logicome Profiler：比較オミクスデータからの統計的に有意な論理関係の網羅的な抽出」が出版になりました。
Fukunaga and Iwasaki
Logicome Profiler: Exhaustive detection of statistically significant logic relationships from comparative omics data.
doi.org/10.1371/journa
バイオインフォマティクス分野の新雑誌「Bioinformatics Advances」が立ち上がりました。国際情報生物学会ISCBとOxford University Pressの共同運営になります。OUP Bioinformaticsとのtransferなどの連携、国際会議との連携が予定されています。
私たちの研究室では、バイオインフォマティクス、環境DNA、または微生物の分子生物学の経験を持つ特任研究員・特任助教を募集しています。詳細については、こちらをご覧ください。
jrecin.jst.go.jp/seek/SeekJorDe
TBSラジオ『荻上チキ・Session』に出演させていただき、下り坂局面にある日本からイノベーションを継続していくために真に必要なことは何か？について、多分野にわたる若手研究者の声を届けさせていただきました。
放送はyoutubeからお聞きいただけます（2:18頃から）。
youtube.com/live/WPbpiiidn
Quote
荻上チキ・Session
@Session_1530
Replying to @Session_1530
#radikoタイムフリー 特集「#任命拒否問題 から3年。#日本学術会議 若手アカデミーが掲げる課題と提案」
エリア内ならこちらからお聞きいただけます
radiko.jp/share/?sid=TBS
#ss954 #radiko
radiko.jp/share/?sid=TBS
#ss954 #radikoShow more
