江戸川乱歩生誕130年を記念して、江戸川乱歩と江戸川コナンが夢のコラボ!コナンたち少年探偵団は、小林先生の引率で乱歩邸を訪れる。江戸川乱歩が書庫として使用していた土蔵には貴重な本が大量にあり、コナンたちは大興奮。そこへ佐藤刑事と高木刑事が訪れ、近くの公園で殺害事件が発生したことを告げる。しかも、被害者の遺留品は普段公開していない土蔵に関係していたようで……。この難事件に現代の少年探偵団が挑む!