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会計検査院は2024年11月6日、2023年度決算検査報告を公表した。それによると、厚生労働省の掲記事項は134件で、合計金額は77億6623万円に上った。「新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金（医療分）等」については、21億円9399万円の過大交付が報告された。
会計検査院は毎年、国の収入支出の決算を検査し、その概要を決算検査報告として公表している。検査項目の中でも国民の関心の高いものについては重点的に調査を行っており、2023年度決算検査報告では特徴的な案件として、「新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金（医療分）」や「新型コロナウイルス感染症患者等入院受入医療機関緊急支援事業補助金」を含む経費を挙げた（参考：令和5年度決算検査報告の特徴的な案件［会計検査院］）。
