米花市で新たに運用が始まった移動交番車。その名の通り、様々な場所に移動して交番業務を行う警察車両だ。少年探偵団は、ご当地アイドルの青島花音と共に移動交番車の発表会の手伝いをすることに。コナンと分かれ、次の現場へ出発した移動交番車だったが、突如2人組の男にカージャックされてしまう。大胆にも警察車両を乗っ取った強盗犯を前に、窮地に陥る灰原、歩美、光彦、元太。仲間を救うためにコナンが追跡を開始する……。