ラーメン店・尾方軒の味が変わってしまったと深刻な様子で話す光彦、歩美、元太。「秘密を突き止める！」と意気込む三人に連れられ、コナンと灰原はラーメンを食べに行くことになる。尾方軒は大将の尾方将司が始めた店で、現在は一人息子の尾方幸作と二人で切り盛りしている。いつもは行列ができる人気店のはずが、何故かガラガラ。厨房を観察していたコナンは、、大将の様子がどこかおかしいことに気付き……。