これまでの会話から推測すると、9月27日ごろには最終承認者(?)に申請を出しているのだろうと思われます。

それに対して重箱の隅をつつくようなRejectされたのが10月2日午後ごろだと思われます。担当者もまさかここでRejectされるとは思っていなかったので、9月の中旬時点では「２週間で確定通知」と言ってしまったのではないかと推測できます。

内部的には最終承認プロセスを通過するには2～3日で、それが済んだら後は事務的に進んで1週間くらいで確定通知メールが出るのではないだろうかと予想されます。

今までの案件では統計的にはそうだったのでしょう。
しかし、内部の審査過程でRejectされてしまった！！

最終承認者からの指摘事項はA金額(税込総額)に関するもので、その内容は輸入消費税の計算や、1円以下の端数の処理方法と推測されます。しかし、それを担当者がうまく説明できなかったのでしょう。

だから、そこの詳細は言いたくないし、内部プロセスに関することは口外するなと箝口令が敷かれているし、最終承認者と事業者との板挟みになって困っていたのではないかというのが、この２週間に起きたことの推測です。