学部では理学系の生物学を学びウェットの微生物実験を主に行っていました。修士/博士課程においてはドライのゲノム解析や進化解析が中心の研究にシフトし、オミックスデータや環境データの統合的な解析を行っていました。 また、博士新卒で入社したフリークアウトでは機械学習エンジニアとしてインターネット広告システムの開発に従事しており、チームでのシステム開発の経験もあります。 最近はtayo関係で求人や産学連携のお仕事が多いですが、専門の海洋微生物学やバイオインフォマティクスに関してもお話できます。学部生や高校生向けの発表なんかもそれなりに経験しているので色々こなせると思います。 2022年 10月26日 科学技術・学術審議会人材委員会 有識者会議 2023年 博士人材の産業界への入職経路の多様化に関する勉強会 メンバー https://www.meti.go.jp/shingikai/economy/doctoral_talent/index.html
東京大学 新領域創成科学研究科
大気海洋研究所 生物遺伝子変動分野 - 博士課程(博士後期課程)
2015年4月 ~ 2018年3月 卒業/修了
海洋性Pseudomonasの研究をテーマにDC1を取っていたんですが、DC1で申請した内容はあんまり面白い結果が出なかったのでショートペーパーにまとめ、修士の研究を継続して行い博士論文を書きました。 Asian Symposium on Microbial Ecologyの台湾大会で日本の学生代表をやったり、生命情報若手の会のスタッフをやったり学会活動もそれなりに。次世代研究者海外挑戦プロジェクトでハワイ大に半年弱留学したのも大変良い思い出です。
東京大学 新領域創成科学研究科
大気海洋研究所 生物遺伝子変動分野 - 修士課程(博士前期課程)
2013年4月 ~ 2015年3月 卒業/修了
原核生物型ロドプシンに着目し、海洋細菌の光利用と進化に関わる研究を行なっていました。
早稲田大学 教育学部
園池研究室 - 学部
2009年4月 ~ 2013年3月 卒業/修了
シアノバクテリアの概日リズムを研究するための連続培養システムの構築を行ないました。
株式会社tayo
経営部 - 代表取締役
2019年5月 ~ 在籍中
アカデミア向け人材交流プラットフォームの運営と開発
海洋研究開発機構
生命理工学センター - 特任研究員
2019年2月 ~ 2021年6月
全球的な炭素循環サイクルにおける微生物の役割を探るため、バイオインフォマティシャンとして深海微生物の群集構造の解析を行なっていました。
株式会社フリークアウト
Science Division - 機械学習エンジニア
2018年4月 ~ 2019年1月
IT広告のターゲティングの最適化に関わる機械学習プロダクトの作成
大規模SSU rRNA遺伝子解析で明らかにする太平洋における原核生物群集の垂直的変遷
熊谷洋平
2020年8月27日
日本学術振興会 特別研究員(DC1)
ゲノム解析による海洋環境適応遺伝子の網羅的抽出
2015年4月 ~ 2018年3月
日本学術振興会 若手研究者海外挑戦プログラム
細菌の海洋表層適応:「日傘・ソーラーパネル仮説」の検証
2017年9月 ~ 2018年2月
Solar-panel and parasol strategies shape the proteorhodopsin distribution pattern in marine Flavobacteriia.
The ISME journal 12 (5) 1329-1343
2018年5月1日
- 共著者
- Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Yu Nakajima, Mai Watanabe, Tsukasa Fukunaga, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Masahiko Ikeuchi, Kazuhiro Kogure, Edward F DeLong, Wataru Iwasaki
- 担当区分
- 筆頭著書
- 要約
- 海洋表層に生息する細菌の約半数はプロテオロドプシン（PR）と呼ばれる光受容体を持ちます。PRは光からエネルギーを受け取る「太陽電池」のような役割を持ち、細菌の海洋表層への適応に大きく貢献していると考えられています。では、残りの半数の細菌は、重要な光受容体であるPRをなぜ持たないのでしょうか？本研究では、大規模なゲノムデータ解析を行い、海洋表層に生息する細菌には光からエネルギーを得る「太陽電池型」と色素で光を遮る「日傘型」の適応戦略があることを発見しました。すなわち、太陽からの莫大な光エネルギーにさらされる海洋表層の細菌は、ただその恩恵を受けるだけではなく、「光を利用するか、光を避けるか」という“究極の選択“を迫られていることになります。本研究により、地球表面の７割を占める海洋表層に生息する膨大な細菌の基本生存戦略の理解が進むとともに、「光」が生物の設計図であるゲノムの大きさを決めるという新たなゲノム進化メカニズムを提唱しました。
- エピソード
- 本研究は博士審査のデッドラインの一週間前にアクセプトされました。博士３年の当時は共同研究先のハワイ大学に留学していたので、大慌てで飛行機のチケットを取りました。しかし１０年に１度の大雪で飛行機が止まり、コロナ前にしてハワイからリモートでのディフェンスを行うこととなりました。当時の指導教員の寛大な対応に強く感謝しています。
Complete and draft genome sequences of eight oceanic Pseudomonas aeruginosa strains
Genome Announcements 5 (44)
2017年11月1日
- 共著者
- Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Keiji Nakamura, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kazuhiro Kogure
- 担当区分
- 筆頭著書
- 要約
- 緑膿菌は最も一般的なモデル細菌種のひとつであり、これまでに数百の菌株のゲノムが解読されている。しかし、現在利用可能な海洋分離株のゲノムは1種類のみである。本論文では、外洋から分離された緑膿菌の2つの完全ゲノム配列と6つのドラフトゲノム配列を報告した。
- エピソード
- 学振DC1のテーマでPseudomonas aeruginosaの海洋分離株のゲノム解析をしたところ、他の環境由来のものと統計的に検出できる遺伝的な差異が殆どなく、めっちゃ焦ったんですけど一応ゲノムだけは報告するか・・・と出した論文です。意外にも全然予想してなかった文脈で結構引用されていて、出してみるもんだなぁと思いました
生命情報科学若手の会 第12回研究会 優秀発表賞
2020年
大学院生の頃にスタッフをやっていた学会に、ポスドクになってから参加して受賞したもの。院生の枠を奪って受賞するのが申し訳ないという気持ちもある一方、最も長く関わってきた会に評価されるのはなんだかんだで嬉しかったです。
自然環境学専攻 専攻長賞 (修士課程)
2015年
当時、自然環境学専攻の修士課程では「一番成績良かった人が研究科長賞 (=首席)」、「二番目の人が専攻長賞」という不思議なシステムでした。なので、修士課程を二番目の成績で出たということです。研究科長賞だと奨学金全額免除、専攻長賞だと半額免除になるので非常に有難かったです。たぶん人生で二回ぐらい「修士は首席で出ました」という発言をした気がしますが、それは嘘です。
日本微生物生態学会