2017年。灰川十三(小日向文世)の屋敷で、地下室に閉じ込められ餓死した13人の子供の遺体が見つかった。灰川は過去に子どもたち19人を誘拐し、一緒に暮らしていたことが判明する。事件の被害者である13人を除き、生き残ったのは刑事の冴木仁(成田凌)の弟・瀧本蒼佑(萩原利久)、蓮水花音(吉川愛)ら6人。所在がつかめていない神代健流(杢代和人)以外の全員が、灰川の犯行を否定する。 そんな時、何者かによって、花音が階段から突き落とされてしまう。病院に駆けつけた冴木に、花音は「私を突き落とした犯人は、灰川邸事件の犯人です」と伝える…。 一方、容疑者である灰川はあっさり身柄を確保される。さらに灰川は、「子供は全員、俺が殺した」と犯行を自供。しかし―― 灰川は、留置場で首を吊った状態で発見される。冴木は、灰川の行動はすべて“真犯人”をかばうための可能性が高いのではないかと考える。 そんな中、花音が突き落とされた時間に“顔に傷がある男”がいたことが判明する。冴木は、花音に“顔に傷がある男”の写真を見せ、見覚えがないか尋ねた。男は、灰川が死亡した後、署の周りの監視カメラに映っていた人物。リッカのマークを持っており、灰川邸事件の関係者である可能性が高く、冴木は健流ではないかと考えていた。写真の男が健流かどうかはわからない、と話した花音だったが――健流が、灰川をはじめ、ともに暮らしていた子どもたちを恨むことになったであろう出来事を語り出す。 そんな中、冴木は、蒼佑から、灰川の故郷にまつわる重要なヒントを聞くことになる！ 7年後の2024年。行方不明となった家出少女・美来を捜す記者の森燈子(山下美月)は、「本当にあの事件は、もう終わったんですか？」と冴木に問いかける。さらに、森は、行方不明の美来の手首にも“リッカ”のマークがあったことについて、灰川邸事件で生き残った子どもたちの誰かが関わっているのではと考えていて……！？