コナンたち少年探偵団は、阿笠博士の友人・小和田道武が企画したホタル狩りに参加する。資金集めは苦労したが、村長の息子・中嶺徳郎の協力もあり、無事に村おこしのためのホタル養殖を始められたのだという。しかし中嶺は娘・小和田葵との結婚を見返りとして求めており、道武は困っているようだ。しばらくして、中嶺と垂水修一郎がトラックでホタルを運んでくる。参加者たちがホタルを楽しむ中、中嶺の姿が見えなくなり……。