そして同１３日にはやぶさが帰還し、小惑星「イトカワ」の土壌が含まれたカプセルを地球に持ち帰るミッションを達成すると、全国的に人気が沸騰するとともに、事業仕分けとの整合性に疑問が上がり始めた。
川端氏は１５日の記者会見で事業仕分けについて「はやぶさがどうなるか若干の不安があった。結果を見ながら考えようということだった」と釈明したうえで予算の増額を示唆した。事業仕分けを担当していた蓮舫行政刷新相（同）も同日の記者会見で「（仕分けは）何が何でも守るべきものではない」と述べた。
１７日には、総務省の政務三役会議で原口一博総務相（同）は、「政権は科学技術について全く理解がないという批判に耐えられるような議論がないとまずい」と発言している。
はやぶさ２関連予算は“軌道修正”され、１１年度予算の概算要求額は約３０億円。１２年度の関連予算も約３０億円で閣議決定された。それでも計画を進めるには十分とはいえず、元はやぶさプロジェクトマネジャーの川口淳一郎氏は、「世界を主導できる活動を継続できることには直結できないという大きな不安を残す」と予算増額への理解を求めた。打ち上げが行われた１４年には１２６億円が計上された。
