誘拐事件に遭遇したコナンは、人質だった少年・三村和雄と服を交換して入れ替わる。誘拐犯の若井隼人・千秋夫婦と行動を共にするうち、二人の自主的な犯行ではなく、誰かに指示されていることに気が付いたコナン。車中でミニカーを見つけたことで「子どもを人質に取られて脅されているのでは?」と声をかける。二人の子どもを救うため、コナンは真犯人の指示に従っているフリをしながら子どもを見つけ出す策を巡らせる……。