強固な警備でガードされた外国の病院に、黒マントを羽織った怪しげな男が現れた。彼の名はブラック・ジャック（高橋一生）――法外な治療費と引き換えに、どんな手術も成功させる無免許の天才外科医だ。人目を忍んで彼を呼び出したのは日本の法務大臣・古川正文。実は、息子の古川駿斗が旅行中に危険ドラッグ運転で事故を起こし、あらゆる臓器が激しく損傷。今しがた発生したドナーから臓器をすべて移植し、駿斗の命を救ってほしいのだという。そんな古川に、ブラック・ジャックは「息子さんの命はいくらですか？」と尋ねた上で合意。極秘手術を引き受けるのだが…。 ほどなく日本へ戻ったブラック・ジャックは研修医・長谷川啓介と出会う。実は啓介、服役中の友人・後藤一馬が自殺したと知らされるも納得がいかず、骨壺の中に入っていた“あるもの”を頼りに、ブラック・ジャックにたどり着いたのだ。だが、知らぬ存ぜぬの態度で啓介をあしらうブラック・ジャック。ますます一馬の死に疑念を募らせた啓介は、ブラック・ジャックにつきまとい…！