2021年12月初旬～中旬の状況（オミクロン株の登場）
それまでのSARS-CoV-2変異株とは全く異なるオミクロン株が突如現れたのは2021年11月である。その変異の異常性ゆえ、当初から多くの学者が話題にしていた。たとえば、ワクチンDNA残留問題でも話題になったサイスカロライナ大学のBuckhaults教授は以下のような発信をしている。
Omicrons (B.1.1.529) most recent common ancestor is AV.1. Relative to this MRCA, Omicron has 25 nonsynonymous and 1 synonymous mutation in Spike, and 13 nonsynonymous and 6 synonymous mutations in the entire rest of the genome. This is very strange & I don't understand.
— Phillip J. Buckhaults, Ph.D. (@P_J_Buckhaults) November 30, 2021
34 discontinuous changes (that are likely independent events). only one of them is silent. the rest change amino acid. see attached pictures. to quote @K_G_Andersen this is inconsistent with expectations from standard evolutionary theory. pic.twitter.com/y1DktIAogr
— Phillip J. Buckhaults, Ph.D. (@P_J_Buckhaults) December 4, 2021
オミクロン株のスパイクタンパクに非同義(N)変異が非常に多く、同義(S)変異が一つしかないことは、当然ながら皆早々に気づいていた。なお、非同義変異、同義変異が何かについては、以下の動画で解説している(15:10～）。ちなみに、この動画は2020年6月に新型コロナウイルス武漢株が研究所起源と考えられる根拠を解説したものである。
ただ、このN変異とS変異の偏りを見ても、オミクロン株は天然起源であると考える学者は少なくなかった。武漢株研究所起源を主張したことで有名なAlina Chanすら
2 straightforward reasons why I don't think a lab origin of Omicron is on the table.
— Alina Chan (@Ayjchan) December 5, 2021
1. Afaik there's no lab in Africa doing serial passaging of SARS2.
2. There're thousands of people (and potentially animals) infected in the region so it is unsurprising new variants emerge.
のように研究所起源を否定していた。これに対し、私は次のように彼女に直接質問している。
Can you explain how the peculiar unbalance of silent and non-silent mutations in Omicron has emerged, which is questioned by Prof. Buckhaults in the thread below?https://t.co/bgXQew9kET
— Hideki Kakeya, Dr.Eng. (@hkakeya) December 5, 2021
それに対するAlina Chanの答えは免疫不全の患者の体内で長期間の免疫逃避の結果生じたというものだった。Buckhaults教授もそれに同意している。
This is consistent with the virus evolving under immune selection, e.g., possibly inside an immunocompromised human host for many months.
— Alina Chan (@Ayjchan) December 5, 2021
see the rest of the thread. its odd, but not tin-foil-hat odd. just evolution for months under antibody pressure. which is kind of a thing we better not let happen too much more are we are gonna be screwed.
— Phillip J. Buckhaults, Ph.D. (@P_J_Buckhaults) December 5, 2021
であるから、N変異とS変異の比が異常という事実の指摘だけでは、オミクロン株が研究所起源（人工）であることを説得する十分な根拠にはならなかったことが分かる。ただし、私は免疫逃避起源には異論があった。その理由は、過去の免疫逃避の症例ではスパイクタンパクに10程度の変異しか見られていなかったからである（下記論文群参照）。
https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2031364
https://www.thelancet.com/journals/ebiom/article/PIIS2352-3964(21)00148-1/fulltext
これは数理的な感覚がある人なら分かると思うが、10個の変異に一つもS変異がないことと、30の変異にS変異が1つしかないことは、比だけでいうと前者の方が極端だが、確率的には後者の方が稀である。たとえば、サイコロを10回投げて、1が一度も出ない確率は16%ある。一方、サイコロを30回投げて、1が1回以下しか出ない確率は2.9%しかない。それゆえ、オミクロン株起源免疫逃避説に対抗するには、一般的なdN/dSの議論ではなく確率モデルで議論をする必要があるという考えに私は至った。その考えをもとに執筆したのがISPJ Trans. Bioinformaticsに掲載された以下の論文である。この論文の新規性は確率モデルの構築にあり、上述の通り従来のdN/dSではできなかった評価を可能にしている点にある。
もちろん、N変異とS変異の偏りを見て、研究所起源を初期から疑っていた学者もいた。その一人がValentin Bruttelである。
must correct myself. this dN:dS ratio is not absolutely inconsistent w/ natural evolution.
— Dr. rer. nat. Valentin Bruttel (@VBruttel) December 8, 2021
Still, omicron was isolated for ~1.5y, had extreme sel. pressure on spike, and similar mutations were generated in labs.
90% lab leak IMO.
彼はその後、オミクロン株の全変異を解析し、その約3/4が既存の変異株や研究結果でその役割が分かっているものであったことから、それらが意図的に導入された変異ではないかとの主張をしている。
https://www.stopgof.com/english/omicron-origin/
また、武漢株研究所起源追究で大きな貢献をしたYuri Deiginも研究所起源を疑った一人である。
Come on, how can you dismiss the potential lab origin of Omicron out of hand? The first SARS escaped from labs at least 4 times. And Omicron looks very much like a strain would look like if it was passaged repeatedly in the presence of antibodies. https://t.co/jIgXJ90gIM
— Yuri Deigin (@ydeigin) December 2, 2021
ところが、12月中旬になって、変異スペクトルからオミクロン株がマウス起源であると主張するプレプリント（のちに査読を通って論文誌に掲載）が発表された。
これを受けて、Yuri Deiginは実験室のマウス起源説を唱えるようになった。実験室のマウスでの継代培養に加えて、一部狙った変異を導入したのではないかというのが今の私の仮説である。
Passaging in immunized lab mice could explain the full spectrum of mutations observed in Omicron. Maybe someone wanted to “model” what could happen to SARS2 evolution in immunized hosts. https://t.co/ox4SujyvWJ
— Yuri Deigin (@ydeigin) December 15, 2021
今回のまとめ
オミクロン株のスパイクタンパクにN変異が非常に多く、S変異が1つしかないことは、12月初旬時点で多くの科学者（私を含む）に広く知られた事実だった。
N変異とS変異の極端な偏りが免疫逃避から生じていると科学者も多く、dN/dSだけでは研究所起源（人工説）の十分な根拠になるとは考えられていなかった。
確率モデルの導入で、免疫逃避起源説に反論することが可能であった。
12月初旬時点でオミクロン株が研究所起源であると考えている科学者もおり、それぞれが独自の根拠をもっていた。
以上の背景知識を踏まえた上で、次回からメールの文面をもとに私と松本氏の共著論文について、荒川氏の主張する『事実上、彼の論文の「全データ」を出したのは私』という主張が虚偽であることを具体的に示していこうと思う。
