何度も事件を解決に導いた歩美の絵日記だったが、平和な日々が続くと描くことがない。痺れを切らした歩美は「事件を探しに行く」と言い出す。コナン、灰原、光彦、元太を連れて米花町のパトロールを始めた歩美だったが、交番で未解決事件を聞き出そうとするなど暴走ぎみ。光彦と元太はそれぞれ事件が起こりそうな場所を紹介することになるが……。さらに、数日前から歩美が感じている視線の正体は？

麻薬の密売人の手帳を拾ったコナンたちは、大阪の平次と電話で連絡を取り、協力して暗号を解読。白いバラが待ち合わせの目印だったが、そこには強面の男、髪飾りの女、金髪に鼻ピアスのチャラ男の3人がいた。チャラ男は楽しそうに遠山和葉と話をしており、平次は不機嫌になる。そして取引時間から1分が経過して…。

公園に向かうコナンと元太、歩美、光彦、哀。その時、刑事たちに追われる怪しい男と衝突する。男が落とした手帳には「E2」と「麻」の文字。コナンは麻薬取引の日時、場所と推理。だが、完全に暗号が解けた訳ではなかった。光彦が暗号解読を協力して欲しいと平次に電話をかけ、協力して取引場所、目印を考えるが…。

育郎はバームクーヘンを食べる前に手を洗っていた事がわかり、育郎の手に毒が付いていたという推理は間違いだったと気付くコナンと平次。育郎の部屋のドアノブに付着した毒はフェイクだったのだ。コナンたちは犯人、そして芹那を殺害したトリックも見破るが、証拠だけ見つける事ができずにいた…。

コナンと平次は佐竹たちの会話をヒントに犯人が育郎を毒殺したトリックを見破る。コナンたちの予想通り、育郎の部屋のドアノブから犯人がかけたと思われる粉末状の毒物が検出される。コナンは犯人のスリッパに毒が付いていると推理。芹香が怪しいと考えるコナンたちだったが、芹香は書斎で毒を飲んで絶命していた…。

米原は耕平のダイイングメッセージがSという字だったと証言。この後、本宅の風呂場のタイルが別荘、大阪の家のタイルと同じ事がわかり、コナンと平次はそのタイルを見て犯人のトリックを見破る。その頃、別荘を検証中の大和警部たちも同じ事に気付き、耕平のダイイングメッセージを発見するが、それは意外な言葉だった…。

軽井沢の別荘で殺害されたデザイン会社の社長、若松耕平の事件の真相を突き止めるために東京にやってきた平次と和葉。コナンは平次たちと共に耕平の本宅を訪ね、妻の芹香から事件当日の話を聞く。次期社長を狙う育郎は椎名と藤波が持ってきたバームクーヘンを食べた直後、苦しみ出して絶命してしまう…。

コナンは観客席にいるハーデスを見つける方法に気付き、「粘って絶対勝って！」とミネルバにメッセージを送る。このセットを落とすと同時に母親が殺害される後がない状況だった。必死にラリーを続けて時間を稼ぐが相手にセットポイントを奪われてしまう。審判は試合終了を告げ、ハーデスは爆弾のスイッチに手をかけるが…。