平次と和葉は何者かに監禁され、数字とアルファベットで構成された暗号を解くことを強要されていた。一方、コナン、蘭、小五郎は時間になっても現れない平次たちを捜して探偵の楠川のアパートを訪れた。間もなく、コナンたちは弁護士・伊藤美沙里の家にたどり着くが、彼女から平次たちのことは全く知らないと聞かされる。