リコのテラスタル研修・基礎テストのため、リコ、ロイ、ドットの3人はセルクルタウンのジムリーダー・カエデの元へ！無事、カエデのいる「パティスリー ムクロジ」に着いたのだが、エクスプローラーズのサンゴも乱入してきて、なぜかスイーツ作り対決に！？リコとニャローテのテラスタル研修の行方は…？

テラスタルを習得するため、オレンジアカデミーで「テラスタル研修」を受けることになったリコ、ロイ、ドット！学校にはクラベル校長や理事長のオモダカ、パルデア四天王のチリ、ポピー、アオキ、ハッサクがいて…。テラスタルデビューを目指す3人の、パルデア地方を舞台にした冒険が幕を開ける！

エクスプローラーズの作戦により、ついに姿を現した黒いレックウザ！その強大な力を前に、圧倒されるリコとロイ。けれど、テラパゴスの、そして自分たちの想いを伝えるなら、今しかない─。ポケモンと冒険に出たあの日から、たくさんの出会い、経験をしてきたふたり…。その全てをぶつけるレックウザとのバトルが今、始まる─！！

サンゴが言い残した「レックウザを呼び寄せる」という言葉…フリードは、手がかりを元にエクスプローラーズのアジトがある島を突き止める。島に向かったリコ、ロイ、フリード、ランドウだったが、そこで待ち受けていたのはスピネルの罠だった─！エクスプローラーズのレックウザ捕獲計画を、リコたちは止めることができるのか…！？

行列に並ばなければ手に入らない、1日30箱限定の銘菓「海のディグダまん」。リコとロイは、店長を助けたお礼として「海のディグダまん」を並ばず手に入れる。一方、エクスプローラーズのある人物も「海のディグダまん」を求め店に並んでいた…。ブレイブアサギ号に戻る途中、ロイはホゲータの背中に果たし状が貼られていることに気がついて…！？

パルデア地方の海辺にやってきたライジングボルテッカーズ。海のポケモンたちとの一時を楽しむリコとロイだったが、ホゲータが海に流され大ピンチ…！そんな窮地を救ったのは海のヒーロー・イルカマン だった！かっこいいイルカマンに興奮するロイ。一方、「誰も見たことがない」というイルカマンの変身シーンを撮影しようと目論む人物がいて…？

ブレイブアサギ号にドットの母・ブランカがやってきた！ブランカは「お試し期間」として乗船していたドットを迎えに来たようで…。引き止めたいリコとロイは、ドットの本当の気持ちを確認するため、話を聞くことに。知られざるドットのライジングボルテッカーズ参入秘話が今、明かされる…！

リコとニャオハはロイ、ホゲータと一緒にバトルの練習！…だったのだが、ニャオハがリコを怪我させてしまうアクシデントが…。「ニャオハのせいじゃないよ」と励ますリコだったが、ニャオハは何か思うところがあるようで…。ブレイブアサギ号を飛び出したニャオハが向かった場所は生まれ育ったブリーダーの家…！？

工業製品が有名な街・テツロンタウンに買い出しに行ったリコ・ロイ・ドット。途中、ドットはリコとロイとはぐれてしまう。渋々単独行動をしていたところ、鉄くずをたたいてハンマーを作るというポケモン・カヌチャンに遭遇！カヌチャンはドットが買ったある物が気になるようで…！？

嵐のあと一時停泊中のブレイブアサギ号では、モリーがポケモンたちの健康診断をしていた。リコがミブリムの診察に行くと、ミブリムが何者かの気配を察知…！なんと船内に1匹のワッカネズミが迷い込んでいた！通常2匹で行動するはずのワッカネズミが1匹でいるのはおかしい…。もしかして、緊急事態発生─！？