STAP細胞はどこまで脱メチル化したか？だれもが科学を独学できる時代になりましたので、学びを続けていきましょう。
2024/04/07
山中先生たちが、以下のReview論文を書いています。
タイトル：Epigenetic foundations of pluripotent stem cells that recapitulate in vivo pluripotency
Masaki Yagi 1, Shinya Yamanaka 1 2, Yasuhiro Yamada 1
Lab Invest. 2017 Oct;97(10):1133-1141. doi: 10.1038/labinvest.2017.87. Epub 2017 Sep 4.
細胞は、自律的にメチル化、脱メチル化を行うことができます。
以下の図がわかりやすいので、引用しておきます。
キメラ能というのは、内部細胞塊に近い脱メチル化状態になっている細胞が持っており、そのキメラ能力は急速に失われていきます。
もちろん、自然発生の途上で胚盤胞にある細胞が、当然、持っている機能ですが、その能力を発揮できる期間が短いです。
この状態へと人工的に誘導していこうとすると、能力を保持の短時間に行うことが必要です。
すなわち、ES細胞状態から変化させてはいけないのです。
では、STAP細胞を他の細胞と接触させたりの負荷をかけると、ES細胞のキメラ能はどうなるのでしょうか？
実際に、ESを用いてSTAP細胞であると偽装するのは、可能なのか？どのような手技で行ったのか？について、議論がほとんど行われていません。
また、他の種類のESを混ぜたり、TSを混ぜたりは可能なのか？についての議論はありません。
ため息ブログは、実際にES混入でキメラができたのだから、可能に決まっていると言っています。
しかし、実際にES混入は、どのような経緯で起きてしまったのかはわかっていません。
実験者たちは一様に、自らの手技の関与を認めていません。
Epigenetic foundations of pluripotent stem cells that recapitulate in vivo pluripotency
さて、この図ですが、縦軸はメチル化度を示します。
精子と卵子から、受精すると、脱メチル化が進み、blastocyte から epiblast なるまでのメチル化の進行をみてください。
ため息さんは、最初見て、恐らく「なんのこっちゃ」と思うでしょうから、縦軸は、メチル化度を表しています。横軸はわかりますね。
ため息さんは、卵子や精子が受精すると、細胞の脱メチル化が進んでいることはしっているだろうけど、こうした説明になると、さっそく、自動訳となりそうです。
そして、 imprintingやら、 de novo DNA methylationとなると、混乱するかもしれないから、 imprinting の論文をひとつ紹介しておきます。
Review Heredity (Edinb). 2014 Aug;113(2):129-37. doi: 10.1038/hdy.2014.7. Epub 2014 Mar 12.
タイトル： Gene interactions in the evolution of genomic imprinting
J B Wolf 1, Y Brandvain 2
核内遺伝子以外にも、細胞質の遺伝子からも imprintingは影響を受ける事が書いてあるから、勉強してみてください。
最初の山中伸弥グループの論文、
However, during the mammalian life cycle, epigenetic reprogramming occurs in primordial germ cells (PGCs) and pre-implantation embryos, which resets the cellular commitment and confers totipotency on the zygote3, 6, 7, 8 (Figure 1a). In PGCs, epigenetic memory, particularly DNA methylation, is erased before establishing novel epigenetic regulation during gametogenesis, which includes genomic imprinting with sperm-/oocyte-specific de novo DNA methylation
タイトル ES細胞の試験管内分化とフローサイトメトリー にもわかりやすい図がありました。
Cytometry Research 12(1) : 25～31，2002
小川 峰太郎先生
「理研に文書が存在しないから、開示はしないという文書も、学とみ子は、読めない」と、oTakeさんは、言います。
実験結果は文書ではありません。相澤論文に書かれたこと以外には、理研は公式文書として取り扱わないとの回答と理解する人がいても良いです。otakeさんは、偽物だとふれ回れば良いと思いますね。若山氏はもらい事故の人と、ノフラー氏に伝えられているのでしょう。全ての実験は、小保方氏がやり、若山氏は手伝っただけであるとの情報を、ノフラー氏はもらっていると思いますね。
学とみ子の印象は、理研は、積極的否定をしていないと読みます。理研には、物言わぬ常識派がいますからね。実験の一部を担当したに過ぎない新人研究者一人に大きな責任を負わせた反省が、理研にはありますから。理研は、いろいろな思惑から、小保方氏に良かれと思って、二報とも、小保方氏を筆頭著者業績にしてくれたと思いますね。それが裏目に出ました。小保方氏にはやったこともない実験の各種ですからね。
やはり、「あの日」を英語でアップすれば、影響はあると思いますが、プライドある人たちは、簡単には、過去の勘違いを認めないものです。そこはもう期待できないです。日本で、ES捏造説を支持した大学教授たちも無言を貫くでしょう。
ただ、この事件は、新人研究者たちにとっても、社会にとっても、大事な教訓ですから、今も議論は有用です。学者の肩書きがあっても、初期化細胞の何も知らない人たちにが、STAP論文をES捏造論文にしてしまったのが、今は良く分かりますね。
oTakeさん
＞「理研の検証実験チーム作成のものとして同じものが存在しない」ということを確認しています。”理研は、「検証実験の成績かどうかは答えない」との回答”とのものではありません。
oTakeさんが、「理研の検証実験チーム作成のものとして同じものが存在しない」との言い方を、理研はすべきと、oTakeさんが食らいついたら良かったのに、なぜ、やらなかったの？
理研には、学術的に対立する派閥があるのだから、STAP論文の評価も一様ではないです。ES捏造画策学者は、政府関係者のバックが薄くなれば力を失います。
いずれにしろ、理研で実験しなきゃ、あの写真は撮れないのだから、理研には小保方氏に協力してくれる人がいるということです。オホホポエムも、怒ってましたね。
oTakeさん
＞嘘デタラメのない、誠実に話をする人が内密にと言っていて、後に公開すると元々、嘘やデタラメをやっているわけではないんで、「あぁ、あのときのことはそういうことだったんだ」となるわけで、理解されることはあっても、信用や評価は失墜することはないんですよ。
oTakeさんが、ES捏造は、絶対にあったと見なすなら、oTakeさんの失墜はないかもです。知識人は、本気で間違っている人に対しては、あまり追及しません。
ため息ブログが、学とみ子間違いと思うなら、知らん顔してればいいのに、なぜできないの？ホントの知識人なら、嫌がらせはしませんよ。
世間に小保方氏擁護者がいるように、理研内にも小保方擁護者はいるんです。ため息ブログは、それらを蹴散らす努力をお続けください。
oTakeさんは、学とみ子を信用してないのと同様に、学とみ子も、oTakeさんを、科学的議論のできる人と思っていません。
若山研究室で業績を出した研究者、共同研究をした科学者はいろいろいるだろうから、oTakeさんは、そうした人から影響を受けた人です。オルガノイドは、分化が進んでいるとか、酸浴の方法論とか、ホントに大事な科学論には、oTakeさんは、立ち入りません。こういうことが大事だということに気付けないと思います。
oTakeさんの会社の誰かでも、大事な点に気付けて実験をやっていれば、oTakeコメントも違ってきます。酸性液につける方法が間違っていたとか、オルガノイドに、キメラ能が残っているのかの確認とかなんて、oTakeさんは全く目が向かないようです。oTakeさんの会社は、誰が、科学者なんですか？その科学者は、小保方氏のSTAP HOPE PAGEを見て、何かコメントしたのでしょうか？例えば、「こんな方法だったの？私の方法とはだいぶ違ってた！」とかですが。
oTakeさん
2024年4月7日 16:06
＞うちの職場で STAP 関係に関して再現・検証のようなこともやったり、例のオルガノイドに関してもやってます。
oTakeさん
＞その範囲は理研の STAP 現象の検証チームの作成したもの全てです。つまり、相澤先生・丹羽先生の責任において関わったもの全てです。つまり、非公表のものも含むという範囲です。
その答えが、非公開のものは開示しないとの理研の答えだったのです。確かに、oTakeさんがすでに、非公開のものも含むと最初に請求してるなら、新たに要求しても無駄でしたね。相澤氏には、相澤氏の判断がありますから、そこは分かりません。oTakeさんは、最初から非公開を含んでの開示を要求したと言えば良かったのです。
でも、STAP論文実験の担当詳細を開示しないでも済む理研の権威ですからね。有力政治家や、文科省が圧力をかけないと、理研は、開示しないでしょうね。
oTakeさん
＞検証チームの行なった実験結果に存在しないということです。
検証チームの行なった実験結果に含めないとの理研の判断になってるだけでしょう。
oTakeさん
＞因みに学とみ子はオルガノイドだのなんだの言ってますが、私は、未分化状態維持（Grandstate）の方法論とかキチンとコメントしてますよ（笑）
oTakeさんの言葉だけで、論文がありません。oTakeさんは、自身が言えば、相手は信じてくれるとい思うみたいですね。オルガノイドになってもGrand stateを保っているの実験を示せていません。
oTakeさんは、要求されているのはそこだと、なぜ気付きませんか？
以下のようなoTake説明が、科学者らしくないと、学とみ子は、言ってます。論文がなくて、なぜ言えるの？oTakeさんは科学者でなくても、科学者に近い存在として意見を言ってるのですから、これではまずいでしょう。
oTakeさん
＞それが分かっていれば、ES 細胞と T 細胞を接触させたことでは分化が進まない（正確には進みにくい）、つまり、オルガノイド形成時に含まれている ES 細胞にはキメラ形成能があるということが理論・原理的にも分かるはずなんですが？
ため息さん、学とみ子の言葉尻をとらえて、偉ぶるのはお止めなさい。学者として、みっともないから。
ため息さん、
＞理研は論文の著者の順番など関与しません。当たり前でしょ。笹井氏が決めたんですよ。
卵子と精子は、メチル化されており、これが合体すると一気に脱メチル化現象が進み、胚盤胞が、1日経つと、また一気にメチル化が進む科学論を、ため息さんは知ってた？imprintingを勉強してますか？言いがかりをやめて、学者としての正道に戻って欲しいです。
学とみ子をバカ丸出しとか思うなら、相手にしなきゃいいじゃないの？学とみ子をおちょくっても、ため息さんが、偉そうには見えないわよ。
こういうすり替え論も、通用しない。
本物の画策者は、ES捏造画策学者、それも、小保方氏による捏造の難しさを知ってる人たちだ。残りの人たちは、ES捏造が、本物と誤解している。一部は、ES捏造が本物であると誤解しているふりをしている。でも、こうした人たちは少なくて、多くはES捏造が本物と誤解している。だから、嘘を言っているのでなく、本音だ。政府関係者は、皆、誤解している人たちだ。CDB上層部は、ES混入を隠そうとしたとされ、上層部の見解が否定されてしまったのは大きい。STAP論文を評価できる層の人たちは少ない。その人たちは黙っている。金づるである文科省の誤解に、専門家が逆らうのもリスクがあるし、そもそも、マスコミが取り上げない。
社会の人たちは、ES捏造画策学者の目指す世論の方向通りに誘導させられたのだ。オホホポエムは、それを仕掛けた人であるが、社会を誤解させる方向へ持っていったオホホポエムは複数だろう。オホホポエム文章から、この人は、メチル化実験に詳しいがTCR実験は、詳しくない。しかし、オホホポエム軍団の中には、もっと知識のある人、常に自力で新知識をブラッシュアップしていく有能者もいる。酸浴7daysに、ES混入が起きたとし、小保方氏以外の人たちを全て疑惑から解放したのは、有能な画策者たちだ。
この画策グループに、マスコミも、政府関係者も騙され、振り回されてしまったが、その正体はわからないままだ。この画策者は、決して、小保方氏のES混入手技に触れようとしない。そこは、科学の未知の部分だからだ。oTakeさんは、そこが説明できていないことに何らの疑問を持たない。ES捏造画策学者は、小保方ES捏造行為は簡単にできると、oTakeさんに説いたであろう。
しかし、STAP事件の内部関係者からの証言は、いづれ出てくると思う。
多くの人たちは、嘘をついているわけではない。
ため息さん、
＞「有力政治家や、文科省が圧力をかけないと、理研は、開示しないでしょうね。」 ← 公務員にとっては、嘘をついて開示しなかったときの罰則のほうが恐ろしい。
＞学とみ子は「国はSTAP細胞はないという陰謀の元に動いているから、小保方図はないとする」と言うかもしれない。
又、金魚のフンのようにからんできました。学とみ子の話を、単純化しています。
誰かが画策すれば、その画策にのって、新たな画策をする者がいて、渡りに舟という言葉があります。
STAP事件を利用して、渡りに舟的に、CDB潰しをした政府関係者もいたでしょうから、これも画策の1種です。
画策に対抗する勢力は当然、あるし、対抗するための画策を企てる者もでてきます。
さまざまな影響が周りに及びますが、研究界のように頭の良い人が常に競争する業界は、何があっても不思議はありません。
ため息さん
＞つまりほとんどのES捏造画策者は誤解しているだけで嘘をついているのではないというわけです。このような誤解をしていてその意見を述べる方々を「画策者＊」と呼ぶのは日本語としてふさわしくないと思うところですが、学とみ子の日本語は健常人と違うので、これを突っ込んでも得るものはないかもしれません。
ため息さんのタスクは、STAP事件を正真正銘の小保方捏造の事件とみなし、極めて単純化することです。
ため息さんは、海千山千の画策大魔王のような人ですから、物事を単純に考えたりはしません。
今、ため息さんのやっていることは、複雑な話を単純ストリーに切り替える作業ですね。
これも、ため息流の画策行為と言えるものです。
oTakeさん、
＞ FES1 は数年にわたる長期培養と言っていますが、そのような ES 細胞はキメラマウス形成能が失われてしまっている可能性が
高いという事実を全く考えていません。いや、ホントにド素人です。
学とみ子の印象では、oTakeさんはド素人のような事を言う人だと思います。
oTakeさん側からしても、学とみ子はド素人なんですよね。
お互いさまです
学とみ子が持つ疑問に答えるということを、oTakeさんはしませんね。
FES1は、キメラ能からすると優秀なESだったのじゃないですかね？
FES1は、ジャームライントランスミッションを、次の代まで待たずに確認できるので、若山研究室は重宝していたのではないでしょうか。
＞つまり、キメラ形成能が失われるという根拠になっていないんですよ。
学とみ子は、そんな事は言ってません。
小保方氏がESをどのような状態で若山氏に渡したのかの説明が無いと、学とみ子は言っているだけです。
世間では、ESのキメラ能の維持とか、どう捏造したのかの手技について、議論になったことが無いと、学とみ子は言ってます。
誰も、専門家はESのキメラ能の話なんてしないし、一般人は冷凍庫からだせばすぐESであるとか、常にキメラ能をもっているとみなすと、学とみ子は思いますね。ため息さんもそうでしたからね。
oTakeさんは、そもそも論に弱い。一般論でなく、キメラ能について書かれた論文を探して示せばいいだけなのに、それが出来ない。論文を示して説得することが出来ない。otakeさん自身の考えを書くだけ。論文引用しても、その論文のどこで、oTake論がサポートされているのかが示せない。こういう書き方は、論文引用とは言わない。大事な議論についての知見を集められない。いくら、自身の経験を語っても意味が無いです。論文を示さなければ意味がないということに気付いて欲しいです。
oTakeさんたちが、HOPE PAGEのやり方を知った時、実験した人たちの間で、「こんなやり方だったんだね」なる議論が起きなかったのだと思う。小保方氏は、いろいろ酸浴実験をやって、これが細胞負担が、少ないと気付いたのでしょう。
ノフラーブログに、いろいろな人の酸浴実験が書かれているけど、処理したという言い方しかしていない。
もちろん、ため息さんも、oTakeさんも、HOPE PAGEの処理法の何に注目するかに気付けない。
こうした人では、酸浴法、キメラ能の維持法などに目が向かない。
これは、一流研究者であっても、ESを知らなければ、ES捏造の難しさを見逃すかもしれない。ES捏造説は、ESを扱う研究者層から出てきたものだろうから、そのまま研究界に受けいられ、一般化され、理研の管理者、政府関係者が、信じたと思う。政府関係者は、一旦決定したものを考え直す事をしない。
ため息さん 4月9日 13:41
＞学とみ子曰く：ES捏造画策学者は、小保方ES捏造行為は簡単にできると、oTakeさんに説いたであろう。
＞oTakeさん曰く：簡単にできるとか方法論的なもの、そんな話は聞いてません。
ES捏造画策学者は、方法論などに注目しないが、行動力のあるoTakeさんを見込んで、協力者に引き込めると思ったでしょう。つまり、選ばれたんですね。
oTakeさんに、ES捏造説の真実性を説いた科学者が、ES捏造画策派のブレインです。その人に、ESとT細胞を混ぜられるのか聞いてみてください。
下に書き込んでくれている-さんは、どういう立場の人なんですかね？
＞つまんねーぞ、犯罪者一味。脅迫を何とも思わないチンピラは引っ込めwww
-さんが、犯罪者扱いをしているということは、ES捏造説に問題提起する人を犯罪者と見なすES捏造論者を心から信じてるみたいですね。
-さんは、学力不足だからもっと勉強するようにね。
ため息さん
＞しかしどうして「若山研究室は重宝」するのかよくわかりませんな。
＞Acr-GFPがあればキメラが成長してからその精子を見ればわかるので、次世代を必要としないでしょう。
18日以降のキメラマウスの精巣に、注入細胞が寄与してるかどうかを、キメラマウスに子どもを生ませるまで待つ必要が無いはないですか？ため息さんは自身でそう書いてるくせに、何で？
一部がキメラになっても、男性性器に寄与しているかどうかがわからないから、アクロシンGFPが役に立つとの理屈が、ため息さんはわからないのでしょう。
こんな人では、学者代表でものを言っても、誰も信用しません。
ため息さん、
＞文章にすることはないがほとんどの研究者が思っていることですね。
皆、STAP論文を語ることが、科学的にも、社会的にも難しいから、研究者層は黙っている。そこがわからないから、ため息さんはしゃべってしまう。
サラリーマン生活さん紹介サイトです。
この白楽さんは、STAP論文で、小保方ES捏造をはっきり指摘していない。証拠を示せていない事を知っているが、他の多くの論文不正問題とSTAP事件をまぜこぜにしている。STAP事件と書くと、読者が興味を持つから引用するのだろう。
問題なのは、不正をする実験者だけでなく、実験不正を拡大解釈して、ES捏造とごちゃごちゃにして、結局、すり替えてしまう画策学者だって問題だ。
＞白楽ロックビル名誉教授は、海外の研究不正事例を調べて情報発信し続けてきた。
白楽ロックビルさん、
＞コツコツ研究しても成果はなかなか出ない。不正をしたほうが、楽で得だからです。論文を出版しないと研究費は得られず、昇進もできず、肩身が狭い。大学院生は論文を出版しないと博士号を取得できない。就職できない。行き詰まってストレスが高まります。
こんな話は、STAP事件とは直接関係が無いです。問題視するなら、上司が部下に、実験上の圧力をかける行為である。上司に気に入られることも大事な処世術だ。
多くの研究者は、コツコツ研究しても成果はなかなか出せないまま終わる。それが研究者の宿命であり、皆受け入れている。
白楽さんは、そこも知ってるだろうけど、あえて、STAP事件と研究不正を繋げて書くのだ。これも、自身の言論活動を知ってもらいたいための戦略である。
マスコミも、STAP事件でのES捏造を少しでも支持してるような学者の文章を載せたがるのじゃないかな。マスコミと学者のウインウインの関係だ。これが現実社会なのだ。
サラリーマン生活さんも、こんなものを探して、他人侮辱を楽しみたいようだ。
oTakeさんは、いろいろ書いてくれてありがたいけど、やはり、きちんと文献を示せていません。
学とみ子が求めているものとは違います。
oTakeさんは、何が求められているのがわからないと思います。
だから、oTakeさん自身は、答えたつもりになっているのだと思います。
以下の文章は、oTakeさんが紹介した論文から導き出したものではありません。
ES 細胞と T 細胞が接触するとどうなるという問題を説明するものではありません。
2008年に出された文献なのだから、ESとT細胞を論じた内容などあるわけがないのです。
でも、oTakeさんの頭の中ではつながってしまうので、書いてしまうのです。
oTakeさんが、ため息さんよりずっとESねつ造説維持にがんばっているのはわかります。
ため息さんは、学者として、もっと学術的にがんばらないといけないですよ。
「終わった！終わった！」「学とみ子はバカ丸出し、幼稚園並み」と、ため息さんが騒ぐのは、みっともないです。
oTakeさん
＞そもそも ES 細胞はその状態遷移があるのは科学事実ですが、その分化のメカニズムとして、細胞外小胞などによる多数の分化シグナルが細胞内に入ってきます。そして、このシグナルによって、Ground State 状態が崩れるわけですが、その流れの下流側で阻止することで分化させないようにすることができます。また、2i などではその流れの上流側（MEK/GSK）で阻止します（Nature 453.519-523(2008)）。これが Ground State 状態の維持の原理です。
ES 細胞と T 細胞が接触し、多数の分化シグナルが細胞内に入ってきたとしても分化しないわけですね。
Qi-Long Ying,らによる論文タイトル： The ground state of embryonic stem cell self-renewal
Nature. 2008 May 22; 453(7194): 519–523. doi: 10.1038/nature06968 PMID: 18497825
まず、ESは100%人工的に操作された細胞です。
Mouse ES cells exist in the artificial milieu of cell culture.
この論文は、ESが内在的にもっている自己複製能を、いろいろ条件を変えて、調べています。
ESは、LIFや 血清や、bone morphogenetic protein (BMP)を培養液に入れて、自己複製能を人工的に維持しています。
They are derived and maintained by using a combination of the cytokine leukaemia inhibitory factor (LIF) to activate STAT3 and either serum or bone morphogenetic protein (BMP) to induce inhibitor-of-differentiation proteins5
この仕組みを調べるという論文です。
These findings reveal that ES cells have an innate programme for self-replication that does not require extrinsic instruction.
遺伝子を欠損させた細胞をも用いたり、培養液にいろいろな阻止薬を入れたり、出したりしています。
Nanog過剰発現ES細胞なるものも登場します。
The delineation of minimal requirements for self-renewal now provides a defined platform for the precise description and dissection of the pluripotent state.
GSK3阻害など、阻害剤のターゲットについて書かれた図です。
Figure 4の ｇとｈ です。
CHIR99021 acts via inhibition of GSK3 to enhance ES-cell growth capacity and viability
以下の図の説明です。
g, h, Diagrams of self-replication of the pluripotent state when inductive phospho-ERK signalling is either inhibited upstream by chemical antagonists (g) or counteracted downstream by LIF and BMP (h). Inhibition of GSK3 serves a key function in augmenting self-renewal when phospho-ERK (pERK) is suppressed by maintaining cellular growth capacity and additionally reinforcing suppression of neural commitment.
oTakeさんの説明の、①「これが Ground State 状態の維持の原理です。」までは良いのですが、次の②「ES 細胞と T 細胞が接触し、多数の分化シグナルが細胞内に入ってきたとしても分化しないわけですね。」
①から②へは、絶対につながりません。
学とみ子には通じませんよ。
次の論文はこれです。
Jason Wrayらによる、Nat Cell Biol. 2011 Jun 19;13(7):838-45. doi: 10.1038/ncb2267.
論文タイトル Inhibition of glycogen synthase kinase-3 alleviates Tcf3 repression of the pluripotency network and increases embryonic stem cell resistance to differentiation
これも、ESの自己複製能の機序について書いたものです。
Abstract
Self-renewal of rodent embryonic stem (ES) cells is enhanced by partial inhibition of glycogen synthase kinase-3 (Gsk3)1 2. This effect has variously been attributed to stimulation of Wnt signalling via β-catenin1, stabilisation of cMyc3, and global de-inhibition of anabolic processes4. Here we demonstrate that β-catenin is not necessary for ES cell identity or expansion, but its absence eliminates the self-renewal response to Gsk3 inhibition. Responsiveness is fully restored by truncated β-catenin lacking the C-terminal transactivation domain5. However, requirement for Gsk3 inhibition is dictated by expression of Tcf3 and mediated by direct interaction with β-catenin. Tcf3 localises to many pluripotency genes6 in ES cells. Our findings confirm that Tcf3 acts as a transcriptional repressor and reveal that β-catenin directly abrogates Tcf3 function. We conclude that Gsk3 inhibition stabilises the ES cell state primarily by reducing repressive influence on the core pluripotency network.
Suppression of Gsk3 mediates enhanced ES cell self-renewal but β-catenin is dispensable for ES cell maintenance
上記の図と同じように、Gsk3 の抑制がESの自己複製能に大事であるとの論文です。
T-cell factor 3 (Tcf3) が登場するけど、条件下で抑制性の転写因子として働くとのことで、T細胞そのものとの関係はありません。
分化を進める転写因子は、他の物質の作用と組み合わさって、抑制性の転写因子にもなりえる。
多種の細胞への分化は、整然と進む必要がありますから、転写因子は、その交通整理の役割です。
論文によって捉え方が違っていたり、まだ、議論がある領域と思いますから、興味ある人は各自で勉強しまししょう。
やれ、読み方が間違っているなどという議論は、意味がありません。
むしろ、こうしたことを専門にやっている人は、いろいろな形態のES細胞を見ていますから、ES細胞の形態変化は、専門家はすぐわかるはずです。
すなわち、プロであれば、ES細胞とは違うものが手もとにきたら気づくということです。
ここが、一般人にとっての知識としては大事です。プロは、ESでないものをESだと思わないでしょう。
oTakeさんは、ESとT細胞で検索をかけたのではありませんか？
oTakeさんが、次のように断言 「もっとも考えられる仮説です。」するのはまだ、早いです。
「だから、できる環境があれば私は自分たちで試すんです。」と、oTakeさんは言うけど、ネーチャー誌に載るような実験を、確かめるには、それ相当のブレインと施設が必要であると思います。
However, requirement for Gsk3 inhibition is dictated by expression of T-cell factor 3 (Tcf3) and mediated by direct interaction with β-catenin. Tcf3 localizes to many pluripotency genes in embryonic stem cells. Our findings confirm that Tcf3 acts as a transcriptional repressor and reveal that β-catenin directly abrogates Tcf3 function.
Fig5のf ｇです。
f) In the presence of Gsk-3 inhibitor (Gski) and a mitogen activated protein kinase (Erk) kinase inhibitor (Meki), repressive effects on the pluripotent gene regulatory network are abolished. The pluripotent circuitry is also positively regulated by Stat3 acting primarily through Klf4. Any two of these three effects are sufficient to stabilise the network and sustain ES cell self-renewal. Gski generates intracellular β-catenin which interacts with Tcf3 and abolishes its repressor effect on multiple genes in the pluripotent network. Gski additionally supports ES cell propagation through stimulatory effects on metabolic and biosynthetic processes (dashed arrow).
g) In the absence of inhibitors, Tcf3 repression and activated Erk drive ES cells into differentiation.
When ES cells are maintained in serum using LIF without inhibitors, cultures are heterogeneous and metastable due to co-existence of states (f) and (g).
oTakeさん
＞最後に、学とみ子は全く私の話に反論できていないということが分かってますか？ 意味不明な英文を並べてもそれはただのスノビズムだと言ってるんですけどね。
学とみ子が論文が読めなかったり、実験科学に弱々なのはもうみんな分かってますよ。
いや、その前に人の文章をまともに読めってかんじ～。
よくぞ、ここまで書きましたね。あっぱれというべきかもしれません。
oTakeさんの周りの人は、oTakeさんの学術パフォーマンスに何も言わないかもしれないけど、「おかしなことを言う奴」と、内心は思っているかもしれませんから、oTakeさんは、一度、そういう目で、周りの人たちを見てみてください。
やはり、oTakeさんは、政府から受注をうける仕事の会社だから、oTakeさんの会社そのものが権威ある存在と考えられます。
もちろん、oTakeさんも、それを知って働いているでしょうけど・・・。
学とみ子は、ESとT細胞の混合培養の論文があるなら知りたいということです。あるなら、示して！と言っています。
以下のようなoTake文章、必ず「どこか異なる点がありますからね。」は、文章そのものがおかしいです。
科学者と言わなくても、研究界に身を置く人であれば、こうした文章は書きません。
同じ条件設定ができないというのが実験の宿命です。
oTakeさんの文章は、ええっとなる内容が多いです。
でも、昨今のoTake文章を読むと、納得できるようになりました。
自身の考えに近い論文をさがしてきて、自身で仮説を立てるはありですが、oTakeさん自身の仮説は、論文から導いているものでないです。
それができるようなトレーニングが無いみたいです。
上記で示したように、①から②に飛ぶような発想は、まったく説得力が無いです。
学とみ子が示した論文において、論文が何を目的としているのか？oTakeさんはわからないのだと思います。
だから、oTakeさんは、学とみ子が見当はずれな論文を示しているとしか思えないのです。
こうしたチグハグなことをくりかしあっているだけなんですね。もう限界ですね。
oTakeさん
＞そもそも数多くの論文がありますが、自分が導きたい実証的結果を求めた論文はほとんど存在しません。あったとしても再現実験の結果に関する論文などでしょう。必ずどこか異なる点がありますからね。結局、科学上のもっとも考えられる仮説という話に落ち着きます。学とみ子が私の言っていることを否定するにはそれを否定する論文を提示してください。学とみ子は今までほとんどそれを提示したことがありません。
ため息さんは、やり取りを追えていない。
当ブログは、oTakeさんが出してきた論文を、引用してどこにもT細胞は関係がないと返したのです。
学とみ子は説明済です。その説明を受けて、ため息さんは、書いたのでしょう。oTakeさん紹介論文なのだから、関係無いものを、なぜ、引用したのかは、oTakeさんに聞いたら？多分、ESとT細胞で検索して出てきたのでしょう。
ため息さん
＞ES細胞のT細胞との接触が分化に関係する・初期化維持に関係することが書いてあるように思えないので、教えていただきませんかね。
澪標さんも、ため息さんのミスをナンデ、注意しないの？そちらの人は、論文を読む人はいないのだから、澪標さんは活躍できるのに。
サラリーマン生活も、おかしな価値観の人。自身は、ES捏造説を信じているんだから、「構うな！」というのは、ES捏造説者への投げかけだろうに。結局、サラリーマン生活さんは、自身と考えが違う人を、賢者のふりでバッシングだ。
ため息ブログは、自分自身を、エラソにみせることが大好きな人が集まってる。自分自身を、知識人にみせるための、彼らの手段が、他人バッシングだ。みんな、そこが共通している。
oTakeさんが、実際にES論文に親しんでいれば、以下のような文章は書かない。素人の思い付きです。
分化細胞が、多能性因子を発現発しても、増殖すれば、自己複製能はないから、別の細胞への不規則分化となる。若山氏の考えを、oTakeさんが想像するのは無理でしょう。oTakeさんは、自己流で背伸びをして、結果、間違えてしまう。oTakeさんの文章は、科学者なら考えない方向に向かう。自信家だからだろう。注意もされない立場だ。
oTakeさん
＞酸浴後の細胞が多能性を持っていれば、増殖させて培養できるかもしれないと考え（ここまでが仮説です）、培養したら増殖したわけです。
当然、その自己複製能が永続性のあるものなのか、ないものなのかという問題があります。それを若山先生は小保方に確認するように細胞増殖度実験が必要だと言ったわけですね。
ESの自己複製能は、いかに維持されているかの多数の論文のたった2報すら、ため息oTakeさんは読まない。DeepLで頑張ろうとする気もないのに、ため息さんは、以下のようなデタラメは、書くのだ。
ESの論文には、増殖しないES、自己複製能のないESの画像がある。
機能不全なESが登場する。プロは、こうしたものを見ている。
非専門家でも、論文を読めば、ESって、どのような細胞動態なのか？、専門家はいかに考えるのか？の問題点にアクセスできる。ため息さんたちは、そうした学者らしい努力はしない。自らの乏しい思い付きを語り合っているだけなのに、他人をけなすのだけは一人前だ。
論文を読まないため息さんが、若山氏の思考を想像するのは不可能。
ため息さん、
＞培養したら増殖したわけです。」は至極真っ当で、若山氏の考えを表しています。
若山氏の考えなんて、ため息さんに分かるはずない。ため息さんも、そこが分かっていて、虚勢している。虚勢の人(oTakeさん)を、別の虚勢の人(ため息さん)が擁護するの構図だ。
ため息さん、
＞キメラができたとき、若山氏はなんと考えたのか言ってみ。
学とみ子は、プロの若山氏んp脳内なんてわからない。ため息さんは、学者だから、分かるふりをしたいのだろうけど、それをすれば逆効果だ。軽率、虚勢の人でしかない。STAP論文を含め、論文批判をしたいなら、もっとしっかり読まないと、周りへの説得力はない。
ため息ブログにいるのは、若山氏擁護の目的の人たちだけだろう。極めて、えこひいきが強く、フェアでないから、議論にならない。
だから、ため息さんの惨状が見逃される。
タイトル：Epigenetic foundations of pluripotent stem cells that recapitulate in vivo pluripotency
Masaki Yagi 1, Shinya Yamanaka 1 2, Yasuhiro Yamada 1
Lab Invest. 2017 Oct;97(10):1133-1141. doi: 10.1038/labinvest.2017.87. Epub 2017 Sep 4.
細胞は、自律的にメチル化、脱メチル化を行うことができます。
以下の図がわかりやすいので、引用しておきます。
キメラ能というのは、内部細胞塊に近い脱メチル化状態になっている細胞が持っており、そのキメラ能力は急速に失われていきます。
もちろん、自然発生の途上で胚盤胞にある細胞が、当然、持っている機能ですが、その能力を発揮できる期間が短いです。
この状態へと人工的に誘導していこうとすると、能力を保持の短時間に行うことが必要です。
すなわち、ES細胞状態から変化させてはいけないのです。
では、STAP細胞を他の細胞と接触させたりの負荷をかけると、ES細胞のキメラ能はどうなるのでしょうか？
実際に、ESを用いてSTAP細胞であると偽装するのは、可能なのか？どのような手技で行ったのか？について、議論がほとんど行われていません。
また、他の種類のESを混ぜたり、TSを混ぜたりは可能なのか？についての議論はありません。
ため息ブログは、実際にES混入でキメラができたのだから、可能に決まっていると言っています。
しかし、実際にES混入は、どのような経緯で起きてしまったのかはわかっていません。
実験者たちは一様に、自らの手技の関与を認めていません。
Epigenetic foundations of pluripotent stem cells that recapitulate in vivo pluripotency
さて、この図ですが、縦軸はメチル化度を示します。
精子と卵子から、受精すると、脱メチル化が進み、blastocyte から epiblast なるまでのメチル化の進行をみてください。
ため息さんは、最初見て、恐らく「なんのこっちゃ」と思うでしょうから、縦軸は、メチル化度を表しています。横軸はわかりますね。
ため息さんは、卵子や精子が受精すると、細胞の脱メチル化が進んでいることはしっているだろうけど、こうした説明になると、さっそく、自動訳となりそうです。
そして、 imprintingやら、 de novo DNA methylationとなると、混乱するかもしれないから、 imprinting の論文をひとつ紹介しておきます。
Review Heredity (Edinb). 2014 Aug;113(2):129-37. doi: 10.1038/hdy.2014.7. Epub 2014 Mar 12.
タイトル： Gene interactions in the evolution of genomic imprinting
J B Wolf 1, Y Brandvain 2
核内遺伝子以外にも、細胞質の遺伝子からも imprintingは影響を受ける事が書いてあるから、勉強してみてください。
最初の山中伸弥グループの論文、
However, during the mammalian life cycle, epigenetic reprogramming occurs in primordial germ cells (PGCs) and pre-implantation embryos, which resets the cellular commitment and confers totipotency on the zygote3, 6, 7, 8 (Figure 1a). In PGCs, epigenetic memory, particularly DNA methylation, is erased before establishing novel epigenetic regulation during gametogenesis, which includes genomic imprinting with sperm-/oocyte-specific de novo DNA methylation
タイトル ES細胞の試験管内分化とフローサイトメトリー にもわかりやすい図がありました。
Cytometry Research 12(1) : 25～31，2002
小川 峰太郎先生
「理研に文書が存在しないから、開示はしないという文書も、学とみ子は、読めない」と、oTakeさんは、言います。
実験結果は文書ではありません。相澤論文に書かれたこと以外には、理研は公式文書として取り扱わないとの回答と理解する人がいても良いです。otakeさんは、偽物だとふれ回れば良いと思いますね。若山氏はもらい事故の人と、ノフラー氏に伝えられているのでしょう。全ての実験は、小保方氏がやり、若山氏は手伝っただけであるとの情報を、ノフラー氏はもらっていると思いますね。
学とみ子の印象は、理研は、積極的否定をしていないと読みます。理研には、物言わぬ常識派がいますからね。実験の一部を担当したに過ぎない新人研究者一人に大きな責任を負わせた反省が、理研にはありますから。理研は、いろいろな思惑から、小保方氏に良かれと思って、二報とも、小保方氏を筆頭著者業績にしてくれたと思いますね。それが裏目に出ました。小保方氏にはやったこともない実験の各種ですからね。
やはり、「あの日」を英語でアップすれば、影響はあると思いますが、プライドある人たちは、簡単には、過去の勘違いを認めないものです。そこはもう期待できないです。日本で、ES捏造説を支持した大学教授たちも無言を貫くでしょう。
ただ、この事件は、新人研究者たちにとっても、社会にとっても、大事な教訓ですから、今も議論は有用です。学者の肩書きがあっても、初期化細胞の何も知らない人たちにが、STAP論文をES捏造論文にしてしまったのが、今は良く分かりますね。
oTakeさん
＞「理研の検証実験チーム作成のものとして同じものが存在しない」ということを確認しています。”理研は、「検証実験の成績かどうかは答えない」との回答”とのものではありません。
oTakeさんが、「理研の検証実験チーム作成のものとして同じものが存在しない」との言い方を、理研はすべきと、oTakeさんが食らいついたら良かったのに、なぜ、やらなかったの？
理研には、学術的に対立する派閥があるのだから、STAP論文の評価も一様ではないです。ES捏造画策学者は、政府関係者のバックが薄くなれば力を失います。
いずれにしろ、理研で実験しなきゃ、あの写真は撮れないのだから、理研には小保方氏に協力してくれる人がいるということです。オホホポエムも、怒ってましたね。
oTakeさん
＞嘘デタラメのない、誠実に話をする人が内密にと言っていて、後に公開すると元々、嘘やデタラメをやっているわけではないんで、「あぁ、あのときのことはそういうことだったんだ」となるわけで、理解されることはあっても、信用や評価は失墜することはないんですよ。
oTakeさんが、ES捏造は、絶対にあったと見なすなら、oTakeさんの失墜はないかもです。知識人は、本気で間違っている人に対しては、あまり追及しません。
ため息ブログが、学とみ子間違いと思うなら、知らん顔してればいいのに、なぜできないの？ホントの知識人なら、嫌がらせはしませんよ。
世間に小保方氏擁護者がいるように、理研内にも小保方擁護者はいるんです。ため息ブログは、それらを蹴散らす努力をお続けください。
oTakeさんは、学とみ子を信用してないのと同様に、学とみ子も、oTakeさんを、科学的議論のできる人と思っていません。
若山研究室で業績を出した研究者、共同研究をした科学者はいろいろいるだろうから、oTakeさんは、そうした人から影響を受けた人です。オルガノイドは、分化が進んでいるとか、酸浴の方法論とか、ホントに大事な科学論には、oTakeさんは、立ち入りません。こういうことが大事だということに気付けないと思います。
oTakeさんの会社の誰かでも、大事な点に気付けて実験をやっていれば、oTakeコメントも違ってきます。酸性液につける方法が間違っていたとか、オルガノイドに、キメラ能が残っているのかの確認とかなんて、oTakeさんは全く目が向かないようです。oTakeさんの会社は、誰が、科学者なんですか？その科学者は、小保方氏のSTAP HOPE PAGEを見て、何かコメントしたのでしょうか？例えば、「こんな方法だったの？私の方法とはだいぶ違ってた！」とかですが。
oTakeさん
2024年4月7日 16:06
＞うちの職場で STAP 関係に関して再現・検証のようなこともやったり、例のオルガノイドに関してもやってます。
oTakeさん
＞その範囲は理研の STAP 現象の検証チームの作成したもの全てです。つまり、相澤先生・丹羽先生の責任において関わったもの全てです。つまり、非公表のものも含むという範囲です。
その答えが、非公開のものは開示しないとの理研の答えだったのです。確かに、oTakeさんがすでに、非公開のものも含むと最初に請求してるなら、新たに要求しても無駄でしたね。相澤氏には、相澤氏の判断がありますから、そこは分かりません。oTakeさんは、最初から非公開を含んでの開示を要求したと言えば良かったのです。
でも、STAP論文実験の担当詳細を開示しないでも済む理研の権威ですからね。有力政治家や、文科省が圧力をかけないと、理研は、開示しないでしょうね。
oTakeさん
＞検証チームの行なった実験結果に存在しないということです。
検証チームの行なった実験結果に含めないとの理研の判断になってるだけでしょう。
oTakeさん
＞因みに学とみ子はオルガノイドだのなんだの言ってますが、私は、未分化状態維持（Grandstate）の方法論とかキチンとコメントしてますよ（笑）
oTakeさんの言葉だけで、論文がありません。oTakeさんは、自身が言えば、相手は信じてくれるとい思うみたいですね。オルガノイドになってもGrand stateを保っているの実験を示せていません。
oTakeさんは、要求されているのはそこだと、なぜ気付きませんか？
以下のようなoTake説明が、科学者らしくないと、学とみ子は、言ってます。論文がなくて、なぜ言えるの？oTakeさんは科学者でなくても、科学者に近い存在として意見を言ってるのですから、これではまずいでしょう。
oTakeさん
＞それが分かっていれば、ES 細胞と T 細胞を接触させたことでは分化が進まない（正確には進みにくい）、つまり、オルガノイド形成時に含まれている ES 細胞にはキメラ形成能があるということが理論・原理的にも分かるはずなんですが？
ため息さん、学とみ子の言葉尻をとらえて、偉ぶるのはお止めなさい。学者として、みっともないから。
ため息さん、
＞理研は論文の著者の順番など関与しません。当たり前でしょ。笹井氏が決めたんですよ。
卵子と精子は、メチル化されており、これが合体すると一気に脱メチル化現象が進み、胚盤胞が、1日経つと、また一気にメチル化が進む科学論を、ため息さんは知ってた？imprintingを勉強してますか？言いがかりをやめて、学者としての正道に戻って欲しいです。
学とみ子をバカ丸出しとか思うなら、相手にしなきゃいいじゃないの？学とみ子をおちょくっても、ため息さんが、偉そうには見えないわよ。
こういうすり替え論も、通用しない。
本物の画策者は、ES捏造画策学者、それも、小保方氏による捏造の難しさを知ってる人たちだ。残りの人たちは、ES捏造が、本物と誤解している。一部は、ES捏造が本物であると誤解しているふりをしている。でも、こうした人たちは少なくて、多くはES捏造が本物と誤解している。だから、嘘を言っているのでなく、本音だ。政府関係者は、皆、誤解している人たちだ。CDB上層部は、ES混入を隠そうとしたとされ、上層部の見解が否定されてしまったのは大きい。STAP論文を評価できる層の人たちは少ない。その人たちは黙っている。金づるである文科省の誤解に、専門家が逆らうのもリスクがあるし、そもそも、マスコミが取り上げない。
社会の人たちは、ES捏造画策学者の目指す世論の方向通りに誘導させられたのだ。オホホポエムは、それを仕掛けた人であるが、社会を誤解させる方向へ持っていったオホホポエムは複数だろう。オホホポエム文章から、この人は、メチル化実験に詳しいがTCR実験は、詳しくない。しかし、オホホポエム軍団の中には、もっと知識のある人、常に自力で新知識をブラッシュアップしていく有能者もいる。酸浴7daysに、ES混入が起きたとし、小保方氏以外の人たちを全て疑惑から解放したのは、有能な画策者たちだ。
この画策グループに、マスコミも、政府関係者も騙され、振り回されてしまったが、その正体はわからないままだ。この画策者は、決して、小保方氏のES混入手技に触れようとしない。そこは、科学の未知の部分だからだ。oTakeさんは、そこが説明できていないことに何らの疑問を持たない。ES捏造画策学者は、小保方ES捏造行為は簡単にできると、oTakeさんに説いたであろう。
しかし、STAP事件の内部関係者からの証言は、いづれ出てくると思う。
多くの人たちは、嘘をついているわけではない。
ため息さん、
＞「有力政治家や、文科省が圧力をかけないと、理研は、開示しないでしょうね。」 ← 公務員にとっては、嘘をついて開示しなかったときの罰則のほうが恐ろしい。
＞学とみ子は「国はSTAP細胞はないという陰謀の元に動いているから、小保方図はないとする」と言うかもしれない。
又、金魚のフンのようにからんできました。学とみ子の話を、単純化しています。
誰かが画策すれば、その画策にのって、新たな画策をする者がいて、渡りに舟という言葉があります。
STAP事件を利用して、渡りに舟的に、CDB潰しをした政府関係者もいたでしょうから、これも画策の1種です。
画策に対抗する勢力は当然、あるし、対抗するための画策を企てる者もでてきます。
さまざまな影響が周りに及びますが、研究界のように頭の良い人が常に競争する業界は、何があっても不思議はありません。
ため息さん
＞つまりほとんどのES捏造画策者は誤解しているだけで嘘をついているのではないというわけです。このような誤解をしていてその意見を述べる方々を「画策者＊」と呼ぶのは日本語としてふさわしくないと思うところですが、学とみ子の日本語は健常人と違うので、これを突っ込んでも得るものはないかもしれません。
ため息さんのタスクは、STAP事件を正真正銘の小保方捏造の事件とみなし、極めて単純化することです。
ため息さんは、海千山千の画策大魔王のような人ですから、物事を単純に考えたりはしません。
今、ため息さんのやっていることは、複雑な話を単純ストリーに切り替える作業ですね。
これも、ため息流の画策行為と言えるものです。
oTakeさん、
＞ FES1 は数年にわたる長期培養と言っていますが、そのような ES 細胞はキメラマウス形成能が失われてしまっている可能性が
高いという事実を全く考えていません。いや、ホントにド素人です。
学とみ子の印象では、oTakeさんはド素人のような事を言う人だと思います。
oTakeさん側からしても、学とみ子はド素人なんですよね。
お互いさまです
学とみ子が持つ疑問に答えるということを、oTakeさんはしませんね。
FES1は、キメラ能からすると優秀なESだったのじゃないですかね？
FES1は、ジャームライントランスミッションを、次の代まで待たずに確認できるので、若山研究室は重宝していたのではないでしょうか。
＞つまり、キメラ形成能が失われるという根拠になっていないんですよ。
学とみ子は、そんな事は言ってません。
小保方氏がESをどのような状態で若山氏に渡したのかの説明が無いと、学とみ子は言っているだけです。
世間では、ESのキメラ能の維持とか、どう捏造したのかの手技について、議論になったことが無いと、学とみ子は言ってます。
誰も、専門家はESのキメラ能の話なんてしないし、一般人は冷凍庫からだせばすぐESであるとか、常にキメラ能をもっているとみなすと、学とみ子は思いますね。ため息さんもそうでしたからね。
oTakeさんは、そもそも論に弱い。一般論でなく、キメラ能について書かれた論文を探して示せばいいだけなのに、それが出来ない。論文を示して説得することが出来ない。otakeさん自身の考えを書くだけ。論文引用しても、その論文のどこで、oTake論がサポートされているのかが示せない。こういう書き方は、論文引用とは言わない。大事な議論についての知見を集められない。いくら、自身の経験を語っても意味が無いです。論文を示さなければ意味がないということに気付いて欲しいです。
oTakeさんたちが、HOPE PAGEのやり方を知った時、実験した人たちの間で、「こんなやり方だったんだね」なる議論が起きなかったのだと思う。小保方氏は、いろいろ酸浴実験をやって、これが細胞負担が、少ないと気付いたのでしょう。
ノフラーブログに、いろいろな人の酸浴実験が書かれているけど、処理したという言い方しかしていない。
もちろん、ため息さんも、oTakeさんも、HOPE PAGEの処理法の何に注目するかに気付けない。
こうした人では、酸浴法、キメラ能の維持法などに目が向かない。
これは、一流研究者であっても、ESを知らなければ、ES捏造の難しさを見逃すかもしれない。ES捏造説は、ESを扱う研究者層から出てきたものだろうから、そのまま研究界に受けいられ、一般化され、理研の管理者、政府関係者が、信じたと思う。政府関係者は、一旦決定したものを考え直す事をしない。
ため息さん 4月9日 13:41
＞学とみ子曰く：ES捏造画策学者は、小保方ES捏造行為は簡単にできると、oTakeさんに説いたであろう。
＞oTakeさん曰く：簡単にできるとか方法論的なもの、そんな話は聞いてません。
ES捏造画策学者は、方法論などに注目しないが、行動力のあるoTakeさんを見込んで、協力者に引き込めると思ったでしょう。つまり、選ばれたんですね。
oTakeさんに、ES捏造説の真実性を説いた科学者が、ES捏造画策派のブレインです。その人に、ESとT細胞を混ぜられるのか聞いてみてください。
下に書き込んでくれている-さんは、どういう立場の人なんですかね？
＞つまんねーぞ、犯罪者一味。脅迫を何とも思わないチンピラは引っ込めwww
-さんが、犯罪者扱いをしているということは、ES捏造説に問題提起する人を犯罪者と見なすES捏造論者を心から信じてるみたいですね。
-さんは、学力不足だからもっと勉強するようにね。
ため息さん
＞しかしどうして「若山研究室は重宝」するのかよくわかりませんな。
＞Acr-GFPがあればキメラが成長してからその精子を見ればわかるので、次世代を必要としないでしょう。
18日以降のキメラマウスの精巣に、注入細胞が寄与してるかどうかを、キメラマウスに子どもを生ませるまで待つ必要が無いはないですか？ため息さんは自身でそう書いてるくせに、何で？
一部がキメラになっても、男性性器に寄与しているかどうかがわからないから、アクロシンGFPが役に立つとの理屈が、ため息さんはわからないのでしょう。
こんな人では、学者代表でものを言っても、誰も信用しません。
ため息さん、
＞文章にすることはないがほとんどの研究者が思っていることですね。
皆、STAP論文を語ることが、科学的にも、社会的にも難しいから、研究者層は黙っている。そこがわからないから、ため息さんはしゃべってしまう。
サラリーマン生活さん紹介サイトです。
この白楽さんは、STAP論文で、小保方ES捏造をはっきり指摘していない。証拠を示せていない事を知っているが、他の多くの論文不正問題とSTAP事件をまぜこぜにしている。STAP事件と書くと、読者が興味を持つから引用するのだろう。
問題なのは、不正をする実験者だけでなく、実験不正を拡大解釈して、ES捏造とごちゃごちゃにして、結局、すり替えてしまう画策学者だって問題だ。
＞白楽ロックビル名誉教授は、海外の研究不正事例を調べて情報発信し続けてきた。
白楽ロックビルさん、
＞コツコツ研究しても成果はなかなか出ない。不正をしたほうが、楽で得だからです。論文を出版しないと研究費は得られず、昇進もできず、肩身が狭い。大学院生は論文を出版しないと博士号を取得できない。就職できない。行き詰まってストレスが高まります。
こんな話は、STAP事件とは直接関係が無いです。問題視するなら、上司が部下に、実験上の圧力をかける行為である。上司に気に入られることも大事な処世術だ。
多くの研究者は、コツコツ研究しても成果はなかなか出せないまま終わる。それが研究者の宿命であり、皆受け入れている。
白楽さんは、そこも知ってるだろうけど、あえて、STAP事件と研究不正を繋げて書くのだ。これも、自身の言論活動を知ってもらいたいための戦略である。
マスコミも、STAP事件でのES捏造を少しでも支持してるような学者の文章を載せたがるのじゃないかな。マスコミと学者のウインウインの関係だ。これが現実社会なのだ。
サラリーマン生活さんも、こんなものを探して、他人侮辱を楽しみたいようだ。
oTakeさんは、いろいろ書いてくれてありがたいけど、やはり、きちんと文献を示せていません。
学とみ子が求めているものとは違います。
oTakeさんは、何が求められているのがわからないと思います。
だから、oTakeさん自身は、答えたつもりになっているのだと思います。
以下の文章は、oTakeさんが紹介した論文から導き出したものではありません。
ES 細胞と T 細胞が接触するとどうなるという問題を説明するものではありません。
2008年に出された文献なのだから、ESとT細胞を論じた内容などあるわけがないのです。
でも、oTakeさんの頭の中ではつながってしまうので、書いてしまうのです。
oTakeさんが、ため息さんよりずっとESねつ造説維持にがんばっているのはわかります。
ため息さんは、学者として、もっと学術的にがんばらないといけないですよ。
「終わった！終わった！」「学とみ子はバカ丸出し、幼稚園並み」と、ため息さんが騒ぐのは、みっともないです。
oTakeさん
＞そもそも ES 細胞はその状態遷移があるのは科学事実ですが、その分化のメカニズムとして、細胞外小胞などによる多数の分化シグナルが細胞内に入ってきます。そして、このシグナルによって、Ground State 状態が崩れるわけですが、その流れの下流側で阻止することで分化させないようにすることができます。また、2i などではその流れの上流側（MEK/GSK）で阻止します（Nature 453.519-523(2008)）。これが Ground State 状態の維持の原理です。
ES 細胞と T 細胞が接触し、多数の分化シグナルが細胞内に入ってきたとしても分化しないわけですね。
Qi-Long Ying,らによる論文タイトル： The ground state of embryonic stem cell self-renewal
Nature. 2008 May 22; 453(7194): 519–523. doi: 10.1038/nature06968 PMID: 18497825
まず、ESは100%人工的に操作された細胞です。
Mouse ES cells exist in the artificial milieu of cell culture.
この論文は、ESが内在的にもっている自己複製能を、いろいろ条件を変えて、調べています。
ESは、LIFや 血清や、bone morphogenetic protein (BMP)を培養液に入れて、自己複製能を人工的に維持しています。
They are derived and maintained by using a combination of the cytokine leukaemia inhibitory factor (LIF) to activate STAT3 and either serum or bone morphogenetic protein (BMP) to induce inhibitor-of-differentiation proteins5
この仕組みを調べるという論文です。
These findings reveal that ES cells have an innate programme for self-replication that does not require extrinsic instruction.
遺伝子を欠損させた細胞をも用いたり、培養液にいろいろな阻止薬を入れたり、出したりしています。
Nanog過剰発現ES細胞なるものも登場します。
The delineation of minimal requirements for self-renewal now provides a defined platform for the precise description and dissection of the pluripotent state.
GSK3阻害など、阻害剤のターゲットについて書かれた図です。
Figure 4の ｇとｈ です。
CHIR99021 acts via inhibition of GSK3 to enhance ES-cell growth capacity and viability
以下の図の説明です。
g, h, Diagrams of self-replication of the pluripotent state when inductive phospho-ERK signalling is either inhibited upstream by chemical antagonists (g) or counteracted downstream by LIF and BMP (h). Inhibition of GSK3 serves a key function in augmenting self-renewal when phospho-ERK (pERK) is suppressed by maintaining cellular growth capacity and additionally reinforcing suppression of neural commitment.
oTakeさんの説明の、①「これが Ground State 状態の維持の原理です。」までは良いのですが、次の②「ES 細胞と T 細胞が接触し、多数の分化シグナルが細胞内に入ってきたとしても分化しないわけですね。」
①から②へは、絶対につながりません。
学とみ子には通じませんよ。
次の論文はこれです。
Jason Wrayらによる、Nat Cell Biol. 2011 Jun 19;13(7):838-45. doi: 10.1038/ncb2267.
論文タイトル Inhibition of glycogen synthase kinase-3 alleviates Tcf3 repression of the pluripotency network and increases embryonic stem cell resistance to differentiation
これも、ESの自己複製能の機序について書いたものです。
Abstract
Self-renewal of rodent embryonic stem (ES) cells is enhanced by partial inhibition of glycogen synthase kinase-3 (Gsk3)1 2. This effect has variously been attributed to stimulation of Wnt signalling via β-catenin1, stabilisation of cMyc3, and global de-inhibition of anabolic processes4. Here we demonstrate that β-catenin is not necessary for ES cell identity or expansion, but its absence eliminates the self-renewal response to Gsk3 inhibition. Responsiveness is fully restored by truncated β-catenin lacking the C-terminal transactivation domain5. However, requirement for Gsk3 inhibition is dictated by expression of Tcf3 and mediated by direct interaction with β-catenin. Tcf3 localises to many pluripotency genes6 in ES cells. Our findings confirm that Tcf3 acts as a transcriptional repressor and reveal that β-catenin directly abrogates Tcf3 function. We conclude that Gsk3 inhibition stabilises the ES cell state primarily by reducing repressive influence on the core pluripotency network.
Suppression of Gsk3 mediates enhanced ES cell self-renewal but β-catenin is dispensable for ES cell maintenance
上記の図と同じように、Gsk3 の抑制がESの自己複製能に大事であるとの論文です。
T-cell factor 3 (Tcf3) が登場するけど、条件下で抑制性の転写因子として働くとのことで、T細胞そのものとの関係はありません。
分化を進める転写因子は、他の物質の作用と組み合わさって、抑制性の転写因子にもなりえる。
多種の細胞への分化は、整然と進む必要がありますから、転写因子は、その交通整理の役割です。
論文によって捉え方が違っていたり、まだ、議論がある領域と思いますから、興味ある人は各自で勉強しまししょう。
やれ、読み方が間違っているなどという議論は、意味がありません。
むしろ、こうしたことを専門にやっている人は、いろいろな形態のES細胞を見ていますから、ES細胞の形態変化は、専門家はすぐわかるはずです。
すなわち、プロであれば、ES細胞とは違うものが手もとにきたら気づくということです。
ここが、一般人にとっての知識としては大事です。プロは、ESでないものをESだと思わないでしょう。
oTakeさんは、ESとT細胞で検索をかけたのではありませんか？
oTakeさんが、次のように断言 「もっとも考えられる仮説です。」するのはまだ、早いです。
「だから、できる環境があれば私は自分たちで試すんです。」と、oTakeさんは言うけど、ネーチャー誌に載るような実験を、確かめるには、それ相当のブレインと施設が必要であると思います。
However, requirement for Gsk3 inhibition is dictated by expression of T-cell factor 3 (Tcf3) and mediated by direct interaction with β-catenin. Tcf3 localizes to many pluripotency genes in embryonic stem cells. Our findings confirm that Tcf3 acts as a transcriptional repressor and reveal that β-catenin directly abrogates Tcf3 function.
Fig5のf ｇです。
f) In the presence of Gsk-3 inhibitor (Gski) and a mitogen activated protein kinase (Erk) kinase inhibitor (Meki), repressive effects on the pluripotent gene regulatory network are abolished. The pluripotent circuitry is also positively regulated by Stat3 acting primarily through Klf4. Any two of these three effects are sufficient to stabilise the network and sustain ES cell self-renewal. Gski generates intracellular β-catenin which interacts with Tcf3 and abolishes its repressor effect on multiple genes in the pluripotent network. Gski additionally supports ES cell propagation through stimulatory effects on metabolic and biosynthetic processes (dashed arrow).
g) In the absence of inhibitors, Tcf3 repression and activated Erk drive ES cells into differentiation.
When ES cells are maintained in serum using LIF without inhibitors, cultures are heterogeneous and metastable due to co-existence of states (f) and (g).
oTakeさん
＞最後に、学とみ子は全く私の話に反論できていないということが分かってますか？ 意味不明な英文を並べてもそれはただのスノビズムだと言ってるんですけどね。
学とみ子が論文が読めなかったり、実験科学に弱々なのはもうみんな分かってますよ。
いや、その前に人の文章をまともに読めってかんじ～。
よくぞ、ここまで書きましたね。あっぱれというべきかもしれません。
oTakeさんの周りの人は、oTakeさんの学術パフォーマンスに何も言わないかもしれないけど、「おかしなことを言う奴」と、内心は思っているかもしれませんから、oTakeさんは、一度、そういう目で、周りの人たちを見てみてください。
やはり、oTakeさんは、政府から受注をうける仕事の会社だから、oTakeさんの会社そのものが権威ある存在と考えられます。
もちろん、oTakeさんも、それを知って働いているでしょうけど・・・。
学とみ子は、ESとT細胞の混合培養の論文があるなら知りたいということです。あるなら、示して！と言っています。
以下のようなoTake文章、必ず「どこか異なる点がありますからね。」は、文章そのものがおかしいです。
科学者と言わなくても、研究界に身を置く人であれば、こうした文章は書きません。
同じ条件設定ができないというのが実験の宿命です。
oTakeさんの文章は、ええっとなる内容が多いです。
でも、昨今のoTake文章を読むと、納得できるようになりました。
自身の考えに近い論文をさがしてきて、自身で仮説を立てるはありですが、oTakeさん自身の仮説は、論文から導いているものでないです。
それができるようなトレーニングが無いみたいです。
上記で示したように、①から②に飛ぶような発想は、まったく説得力が無いです。
学とみ子が示した論文において、論文が何を目的としているのか？oTakeさんはわからないのだと思います。
だから、oTakeさんは、学とみ子が見当はずれな論文を示しているとしか思えないのです。
こうしたチグハグなことをくりかしあっているだけなんですね。もう限界ですね。
oTakeさん
＞そもそも数多くの論文がありますが、自分が導きたい実証的結果を求めた論文はほとんど存在しません。あったとしても再現実験の結果に関する論文などでしょう。必ずどこか異なる点がありますからね。結局、科学上のもっとも考えられる仮説という話に落ち着きます。学とみ子が私の言っていることを否定するにはそれを否定する論文を提示してください。学とみ子は今までほとんどそれを提示したことがありません。
ため息さんは、やり取りを追えていない。
当ブログは、oTakeさんが出してきた論文を、引用してどこにもT細胞は関係がないと返したのです。
学とみ子は説明済です。その説明を受けて、ため息さんは、書いたのでしょう。oTakeさん紹介論文なのだから、関係無いものを、なぜ、引用したのかは、oTakeさんに聞いたら？多分、ESとT細胞で検索して出てきたのでしょう。
ため息さん
＞ES細胞のT細胞との接触が分化に関係する・初期化維持に関係することが書いてあるように思えないので、教えていただきませんかね。
澪標さんも、ため息さんのミスをナンデ、注意しないの？そちらの人は、論文を読む人はいないのだから、澪標さんは活躍できるのに。
サラリーマン生活も、おかしな価値観の人。自身は、ES捏造説を信じているんだから、「構うな！」というのは、ES捏造説者への投げかけだろうに。結局、サラリーマン生活さんは、自身と考えが違う人を、賢者のふりでバッシングだ。
ため息ブログは、自分自身を、エラソにみせることが大好きな人が集まってる。自分自身を、知識人にみせるための、彼らの手段が、他人バッシングだ。みんな、そこが共通している。
oTakeさんが、実際にES論文に親しんでいれば、以下のような文章は書かない。素人の思い付きです。
分化細胞が、多能性因子を発現発しても、増殖すれば、自己複製能はないから、別の細胞への不規則分化となる。若山氏の考えを、oTakeさんが想像するのは無理でしょう。oTakeさんは、自己流で背伸びをして、結果、間違えてしまう。oTakeさんの文章は、科学者なら考えない方向に向かう。自信家だからだろう。注意もされない立場だ。
oTakeさん
＞酸浴後の細胞が多能性を持っていれば、増殖させて培養できるかもしれないと考え（ここまでが仮説です）、培養したら増殖したわけです。
当然、その自己複製能が永続性のあるものなのか、ないものなのかという問題があります。それを若山先生は小保方に確認するように細胞増殖度実験が必要だと言ったわけですね。
ESの自己複製能は、いかに維持されているかの多数の論文のたった2報すら、ため息oTakeさんは読まない。DeepLで頑張ろうとする気もないのに、ため息さんは、以下のようなデタラメは、書くのだ。
ESの論文には、増殖しないES、自己複製能のないESの画像がある。
機能不全なESが登場する。プロは、こうしたものを見ている。
非専門家でも、論文を読めば、ESって、どのような細胞動態なのか？、専門家はいかに考えるのか？の問題点にアクセスできる。ため息さんたちは、そうした学者らしい努力はしない。自らの乏しい思い付きを語り合っているだけなのに、他人をけなすのだけは一人前だ。
論文を読まないため息さんが、若山氏の思考を想像するのは不可能。
ため息さん、
＞培養したら増殖したわけです。」は至極真っ当で、若山氏の考えを表しています。
若山氏の考えなんて、ため息さんに分かるはずない。ため息さんも、そこが分かっていて、虚勢している。虚勢の人(oTakeさん)を、別の虚勢の人(ため息さん)が擁護するの構図だ。
ため息さん、
＞キメラができたとき、若山氏はなんと考えたのか言ってみ。
学とみ子は、プロの若山氏んp脳内なんてわからない。ため息さんは、学者だから、分かるふりをしたいのだろうけど、それをすれば逆効果だ。軽率、虚勢の人でしかない。STAP論文を含め、論文批判をしたいなら、もっとしっかり読まないと、周りへの説得力はない。
ため息ブログにいるのは、若山氏擁護の目的の人たちだけだろう。極めて、えこひいきが強く、フェアでないから、議論にならない。
だから、ため息さんの惨状が見逃される。
スポンサーサイト
コメント
2024/04/10 URL 編集
Ts.MarkerあらためZscan4は…
2024/04/10 URL 編集
2024/04/10 URL 編集
Ts.MarkerあらためZscan4
www
2024/04/09 URL 編集
Ts.MarkerあらためZscan4
そりゃ、訴えるなら訴えろよってなるわなwww
アホ草。
さすがチンピラ小保方。
2024/04/09 URL 編集
Ts.MarkerあらためZscan4
それこそ、アホ草。
2024/04/09 URL 編集
Truｰseqでもstapは10分の1、1桁低い。理研の検証でも検討事項だったな。アホ草。
2024/04/09 URL 編集